La capilla de nuestra Señora de las Aguas, ubicada en una pequeña colonia del municipio de Chalchihuites y dentro de un predio que comprendería casi todo el atrio, está construida casi al centro y cargada hacia un costado del mencionado predio, por la fecha de la donación de la escultura del Cristo del Santo Entierro por Felipe II en 1562, podrían existir vestigios de finales de aquel siglo o principios del XVII, sin embargo algunos datos indican que pudo haber sido concluida en el siglo XVIII, y actualmente presenta intervenciones con técnicas constructivas del siglo XX
con el uso de mampostería de tabique rojo y algunos refuerzos de concreto que se notan en la fachada principal, además de las bóvedas de tabique que se desplantan sobre trabes de concreto.
La fachada principal y de acceso al templo se encuentra con el material constructivo expuesto y nos permite ver el sistema constructivo de mampostería. Está compuesta por tres cuerpos de muy sencilla manufactura. El central tiene la puerta con un arco de medio punto y un portón metálico de mala calidad y reciente colocación. El labrado que conforma el contorno que también
acoge la ventana del coro de forma cuadrangular es de diferente fábrica que el resto, lo que indica una factura anterior. Tiene un par de pilastras con base, arquitrabe, friso y cornisa adornados al igual que las enjutas, y el vano superior también está custodiado por pequeñas pilastras y dos pináculos en alto relieve a sus costados, sin embargo dicho conjunto se encuentra
cortado, e intervenido con otro tipo de mampostería, y sistema constructivo.
El deterioro que muestra la sección central da testimonio de que en algún momento existió un remate para acentuar así el acceso al recinto, sólo se ven piezas que fueron reacomodados pero no del todo restauradas en el arco de medio punto donde se encuentra la puerta de acceso.
A la derecha se observa una torre de tres cuerpos con una base cuadrangular que tiene una ventana hacia su cara frontal rematada con dos cornisas que la dividen del campanario. Éste mantiene restos de bases de pilastras en sus caras, mismas en la que logramos ver los vanos de arco de medio punto donde se colocaron las campanas y mas arriba un par de cornisas. Entre
éstas últimas y una más que forma una base con copones en cada esquina, se muestran óculos mixtilíneos en cada lado y finalmente el conjunto termina con una cúpula de media naranja y una cruz de metal.
A la izquierda se observan dos arcos botareles encimados de importantes dimensiones, el inferior con un cuarto de círculo y el superior con medio.
Al interior nos encontramos con una planta de nave rasa con muros de espesores de aproximadamente 90 cm y una serie de vanos en ambos lados para la iluminación natural. Se remata con un retablo neoclásico con columnas de orden jónico contenido por el ábside de forma octogonal. La serie de bóvedas de un sistema constructivo más actual indica que la intervención se hizo renovando toda la cubierta.
La sacristía tiene los mismos elementos de remodelación y modernización en la cubierta además de presentar por la parte exterior una serie de remates que tampoco formaban parte del proyecto original. A pesar de los refuerzos existentes como el contrafuerte de la fachada antes mencionada y uno más a un costado del templo, existen otros nuevos y de concreto en la parte
posterior del ábside donde también la fachada fue remodelada. En el exterior de la sacristía las ventanas tienen una configuración de arco ojival o de pico que no corresponden a la época de construcción dando la impresión de haber sido remodelada no sólo una vez o más bien terminada en diferentes etapas.
En las bóvedas de la cubierta ubicadas sobre el altar y las dos que comprenden las de la sacristía se elevan unas linternillas desplantadas desde el centro de cada bóveda con la posible función de iluminación cenital.
