Se atribuye la fundación de la antigua capilla a don Vasco de Quiroga en el siglo XVI, aunque seguramente se demolió para reconstruirse más tarde por una capilla que la crónica de “El obispado de Michoacán en 1765” nos describe de la siguiente manera: “…por este mismo rumbo, como quien se pone más perpendicular al oriente [de Tlalpujahua], está el pueblo de San Juan Tlalpujahuilla, que es de pocos indios, tiene una iglesia nueva, fuente de adobe, con sacristía competente, con su número decente, con los ornamentos que bastan al divino culto…”. A fines del siglo XVIII, la descripción nos dice que es “…de adobe, techada en triángulo de madera de cedro, estrecha sacristía, cementerio y su cruz atrial…”. En 1860 nos dicen que era “…pobrísima, con pocos ornamentos…”. En el inventario se habla de un cáliz de plata, una diadema y la media luna de la Virgen de la Asunción, todos de plata.
La cubierta de tejamanil debió tener fuertes escurrimientos que obligaron a hacer reparaciones. La fama de la Virgen se extendió, enriqueciéndose la iglesia con donativos. En 1939 se decidió demoler la capilla antigua, recibiendo una negativa rotunda de parte de Bienes Nacionales; sin embargo, los fieles insistieron hasta lograr la autorización del arzobispo don Leopoldo Ruíz de Flores, que permitió iniciar la construcción del Santuario el 22 de agosto de 1963, hecho que se talló en piedra para recordar tan grande acontecimiento.
La obra que se inició fue monumental: una imponente construcción sustituyó a la antigua iglesia de adobe y tejamanil. Continúa llegándose mediante un camino empedrado que entronca con la carretera que llega al Oro.
El Santuario está en lo alto y se llega a él mediante escalinatas y terrazas con balaustradas de piedra gris, en las que se reproduce la subida al Calvario. En las plazoletas vemos las esculturas de don Vasco y del padre José del Valle, que logró la construcción del edificio.
La plataforma del costado izquierdo tiene un acceso flanqueado por una cruz y una torre. La cruz, sobre el alto pedestal de cantera, tiene una inscripción que la señala como el único vestigio de la capilla que no se demolió. El conjunto consta de tres naves con crucero sobre el presbiterio, cripta, capillas anexas y anexos parroquiales.
La fachada es anástila, con arco de medio punto y clave ornamentada; contiene una mezcla de elementos barrocos y neoclásicos, está trabajada en cantera con excelente labrado y talla, mezclando sistemas constructivos de cantera y estructura de cimiento en concreto.
La iglesia es de tres naves, construida de cantera rosa; el espacio está interrumpido en el interior por amplias pilastras que cargan arcos de medio punto. Altares de diseño neoclásico y factura contemporánea albergan imágenes de pasta de escaso interés artístico.
En el ábside está la imagen de Nuestra Señora de los Lagos, que se repite varias veces labrada en piedra en las fachadas.
La cúpula es de media naranja, con linternilla, imitando arquitectura del siglo XIX de ascendencia viñolesca de los cánones clásicos.
Atrás del ábside plano se encuentra el camarín de la Virgen, rectangular, cubierto por tres bóvedas de arista: dos rectangulares y una cuadrada. Sobre el muro que cierra el presbiterio se encuentra una escalinata de doble rampa hasta la altura del retablo del altar mayor.
El interior de la nave es bajo y opaco, con escasa luz; el piso es de cantera negra. Cuenta con seis altares: uno, el del presbiterio; otro en cada crucero; otro en la capilla de San Juan; el camarín de la Virgen cuenta con uno más y el sexto se ubica en el sotocoro.
En la capilla de San Juan Bautista están dos esculturas: San Francisco de Asís y la Inmaculada Concepción, ambas imágenes pequeñas, con rostros de estofado, posiblemente daten del siglo XVIII y debieron pertenecer a los retablos de la antigua iglesia. Se conservan también los lienzos de San Lorenzo, San Antonio de Padua y Nuestra Señora de la Luz de Salvatierra, guardados en el camarín de la Virgen.
El Santuario es visitado por multitud de fieles y se encuentra concluido en su totalidad; por la magnitud, características y orígenes de la obra, debe ser incluido en el catálogo de monumentos.
Múltiples historias se cuentan de este edificio, como la del cantero que fue contratado por el párroco y que instruyó a los jóvenes de la región, que aún viven de ese oficio. Se dice que él inició la obra y que, en un accidente de trabajo, se le amputó una pierna y, a pesar de eso, no cejó hasta concluirla. A él se debe la importante fuente de trabajo en que están convertidos los bancos de cantera gris y rosa de Tlalpujahua y las magníficas tallas que hoy se realizan.
