A inicios del siglo XVII, los religiosos dominicos fundaron, a un costado de la Plaza del Volador, el Colegio de Santo Domingo de Porta Coeli. Para poder efectuar la construcción del templo, adquirieron las casas de Doña Isabel de Luján, quien las vendió a la Provincia de Santiago de México, la cual tomó posesión de ellas el 18 de agosto del mismo año. El colegio fue ampliado al comprarse algunas casas antiguas y así, el conjunto de Porta Coeli llegó a colindar, mediando el callejón de Tabaqueros, con el Convento de Balvanera.
La fundación fue aprobada en el capítulo provincial de 1604, y al año siguiente, concedieron al Colegio de Porta Coeli, los privilegios de los colegios y universidades.
La iglesia de este colegio fue construida en los primeros años del siglo XVIII y dedicada el 23 de Mayo de 1711. La fachada actual es obra del arquitecto Luis Arozamena y ejecutada en 1891.
Orientada de Sur a Norte, el acceso al templo es al través de un arco de medio punto, enmarcado por dos pares de pilastras que sostienen un frontón, sobre el cual se encuentra una balaustrada, la cual anteriormente remataba, en sus extremos, con dos torrecillas pequeñas que hacían las veces de campanarios. En la parte superior del portón hay una inscripción en latín que dice: "Cuan terrible es este lugar. No hay aquí otra cosa sino Casa de Dios y Puerta del Cielo". Después de la Reforma liberal del siglo XIX y al promulgarse las leyes de exclaustración, el colegio fue requisado; dividido en lotes y vendido. Sin embargo la iglesia continuó abierta al culto, hasta que, a principios del siglo XX, fue convertida en archivo gubernamental.
En la década de los cincuentas, la iglesia griega milkita católica, recuperó para el culto -de rito bizantino- el templo de Porta Coeli, sufriendo varias intervenciones. Se encuentra bajo la advocación de la Virgen del Perpetuo Socorro y, en el costado izquierdo, se venera al Señor del Veneno (Cristo Negro).
El templo fue declarado monumento el 9 de febrero de 1931.
