Diego de Tapia, hijo del cacique y luego gobernador de Querétaro, Fernando de Tapia, fue quien de alguna manera hizo posible el Templo de Santa Clara y el Real Convento anexo, contribuyendo, además, a la afirmación de la orden de las Clarisas que permanecían dependientes de la orden de San Francisco. Uno de los motivos que tuvo Diego de Tapia para la fundación del convento fue, además de elevar su posición social, el de hacer que su hija Luisa, por medio de una cuantiosa dote, fuera practicante de esta orden, ingresando primero como novicia en el Convento de Santa Clara de la Ciudad de México. Ella recibió el hábito del Espíritu Santo en la Villa de Guadalupe y regresó a Querétaro en enero de 1607 para comenzar su vida conventual.
El Templo de Santa Clara y el Real Convento anexo se comenzó a construir en los terrenos donados por doña María de Tapia, hermana de don Diego. Las licencias y demás trámites para la edificación se le encomendaron a Fray Miguel López, vicecomisario de las provincias de la Nueva España. La fábrica del templo se inició frente al Convento de San Francisco, en la calle de los Cinco Señores. La fundación se realizó el día 13 de enero de 1607, fiesta entonces del Santo Nombre de Jesús, sin que estuviera aún terminada la construcción del convento. El 21 de julio de 1633, las religiosas Clarisas se trasladaron al nuevo convento y templo.
Durante el siglo XIX, a consecuencia de las Leyes de Reforma, las monjas fueron exclaustradas. En 1863, comenzó la demolición de bóvedas y muros por orden del Gobernador de Querétaro, José Linares, quien dispuso la apertura de una calle en medio del claustro principal hasta dejar abierta una brecha que por muchos años difícil en ese estado. Posteriormente, se demolió el resto del convento, respetándose únicamente el templo del que se hicieron cargo los franciscanos. Estos la entregaron al gobierno eclesiástico de la Diócesis, cuando, autorizados por la Santa Sede, se recuperaron el Templo de San Francisco que había servido de Catedral. El 20 de julio de 1921, se firmó el decreto de fundación de la Parroquia del centro de la ciudad, a la que se le dio como titular el Sagrado Corazón de Jesús y como templo el de Santa Clara.
El inmueble comprende los siguientes espacios: Templo, Capilla Anexa, Convento, Casa Cural, Oficina Parroquial y Anexos Varios.
El inmueble comprende los siguientes ámbitos: Sacristía, Coro y Bautisterio.
Se observan diversos materiales: Muros de Piedra, Recubrimientos de Churrigueresco, Techos de Piedra, Pisos de Mosaico, Ventanas de Madera, Fierro, Vidrio y Cantera, Puertas de Madera y Columnas de Cantera.
Se observa la siguiente categoría eclesiástica del templo: Parroquia.
Descripción del exterior: Portadas, Campanarios y Cúpulas.
