El territorio que hoy comprende la Prelatura de Cancún-Chetumal ya habia sido evangelizada primeramente por la Orden Franciscana desde los tiempos de la Conquista de México. Después de la Guerra de Castas, la evangelización fue llevada a cabo en algunas poblaciones por los Padres de Maryknoll y algunos sacerdotes diocesanos. Antes de su erección en mayo de 1970, la mitad del territorio estaba bajo la jurisdicción de la Arquidiócesis de Yucatán y la parte sur a la Diócesis de Campeche. El 23 de mayo de 1970, Su Santidad el Papa Pablo VI erigió la Prelatura de Chetumal, encomendándola al cuidado de la Congregación de los Legionarios de Cristo y nombró al entonces P. Jorge Bernal Vargas, L.C. como Administrador Apostólico. El Nombramiento de Administrador Apostólico tuvo lugar el 16 de julio de 1970 siendo Delegado Apostólico del Santo Padre en México S.E.R. Guido de Mestre, quien fue trasladado al poco tiempo, y le sucedió el Arzobispo Carlos Martini, quien le acompañó en la toma de posesión. Por esta razón se retrasó varios meses la toma de posesión, efectuándose el 21 de noviembre de 1970. Mons. Jorge Bernal Vargas, L.C. recibió la ordenación episcopal el dia 19 de marzo de 1974 de manos del Delegado Apostólico Pio Gaspari. Primero fue Obispo Titular de Velefi; más tarde se cumplió la disposición de llamar Obispo Prelado a quien se le encomendara una Prelatura.
El 8 de enero de 1997 con la presencia del Nuncio Apostólico, S.E.R. Mons. Girolamo Prigione, se hizo la extensión de la sede de Chetumal, para que desde ese momento fuera la Prelatura de Cancún Chetumal. Mons. Jorge Bernal Vargas, L.C., obispo prelado fue el administrador apostólico de la prelatura hasta noviembre 2004, cuando - por nombramiento de Juan Pablo II - Mons. Pedro Pablo Elizondo Cárdenas, L.C. le sucedió como obispo de la Prelatura. Ahora se puede afirmar, con humildad y agradecimiento a Dios, que la Iglesia por fin se ha asentado definitivamente en esta zona de la Peninsula de Yucatán. Por fin, la fe católica y la religiosidad del pueblo maya han aprendido a convivir y a luchar juntas. Un logro en el que todos aportaron algo: desde Jerónimo de Aguilar y los franciscanos del siglo XVIII, hasta los misioneros de Maryknoll, los Legionarios de Cristo y otras muchas comunidades de sacerdotes, religiosos y religiosas.
Quinientos años tuvieron que pasar para que la fe católica se enraizara y se expandiera. Hoy, con la mirada puesta en el futuro, la Prelatura de Cancún-Chetumal tiene como reto seguir contribuyendo al establecimiento de la Civilización del Amor en este pedacito de cielo, selva tropical y aguas color turquesa: Quintana Roo.
