La fundación del convento de San Agustín se realizo el 26 de marzo de 1615, cuando fray Juan de San Nicolas colocó una campana y un atar al aire libre y ofició misa. La orden de San Agustín construyó un sencillo templo de adobe al que se le dió el nombre de San Juan de Sahagun, en recuerdo de un fraile agustino. 26 años después se inicio la fabricación del actual templo y para 1655 el presbiterio y el crucero quedaron terminados y sus torres estuvieron listas dos años después.
El proceso de ornamentación interior se llevó a cabo entre los siglo XVII y XVIII. El 6 de diciembre de 1706 se dedicó a San Agustín.
La planta del templo es de cruz latina. En el primer tramo encontramos el coro, el sotocoro y las torres; del segundo al cuarto, la nave; en el quinto el crucero y en el sexto, el presbiterio.
La sacristía rodea el presbiterio por tres de sus lados.
Junto a la sacristía, del lado izquierdo hay una nave de cuatro tramos que parece haber servido como capilla. Saliendo de dicha capilla se llega a un claustro de un nivel.
Del lado oriente del templo se encuentran dos claustros. El más cercano al templo es de dos niveles y actualmente funciona como casa de la cultura. El otro claustro, de un nivel, esta prácticamente en ruinas aunque algunas de sus dependencias funcionan como biblioteca; esta bajo la jurisdicción del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH).
