El conjunto fue regido en capítulo de fecha 27 de abril de 1591, pero no fue hasta después de muchos años que se dio inicio a la fábrica. La iglesia primitiva estaba constituida por la capilla abierta, la cual estaba desplantada tres metros y medio por arriba del nivel del piso de la iglesia actual. Cogolludo refiere que, entre los años de 1639 y 1640, el P. Fr. Juan Gutiérrez, siendo guardián del convento, sacó desde los cimientos la iglesia nueva que hoy se ve, quedando en su tiempo las murallas hasta la cornisa.
