Compone este conjunto la iglesia, el camarín, el convento de dos claustros, la capilla, la casa del sacristán, el atrio delimitado con arquería y la huerta, construido sobre el antiguo edificio precolombino conocido como Papolchac, concebido por el arquitecto y maestro de obras, el padre fray Juan de Mérida, y bajo el cuidado y dirección del legendario y controvertido fray Diego de Landa. El convento fue erigido desde el capítulo de 1549, pero no fue hasta 1553 cuando se dio inicio a la construcción; una primera etapa fue concluida en 1561 bajo la supervisión del padre fray Francisco de la Torre, concluyéndose los portales que circundan el atrio en 1618.
En el siglo XVII le fue destruida la ramada que antecedía la capilla de la tercera orden o de indios; así misma data de esta época el camarín de la virgen situado en la parte posterior del presbiterio y su escalinata.
Durante el siglo XVIII la fachada de la iglesia fue reformada; las pinturas murales se cree fueron realizadas a fines del siglo XVI o principios del siglo XVII.
En el año de 1993 en el atrio de este conjunto, celebró una misa a las comunidades indígenas de América el PAPA Juan Pablo Segundo.
Sin duda este conjunto constituye el ejemplar más bello y representativo de la arquitectura religiosa novohispana en la península.
