El poblado de Yatoni, en el distrito de Villa Alta, está emplazado sobre el cerro de Yutuni, que en zapoteco quiere decir Palo Largo. Su altitud es de 1650 metros sobre el nivel del mar y está ubicado entre los 17° 32" de latitud norte y 2° 54" longitud este del meridiano de México. Se ignora la fecha de su fundación, pero a la llegada de D. Gaspar Pacheco, en la época colonial, se encontraba al mando del pueblo Goqueberagchina, cacique prehispánico, quien mandó construir los edificios públicos del pueblo.
El templo es de escasas dimensiones, muy modesto y apenas conservado. Tiene una techumbre de madera que soporta una superficie de teja a la manera tradicional, utilizando los materiales que se usaron en la concepción original, sistema constructivo que poco a poco han perdido los templos de la región y que éste aún conserva, y al cual le queda un lapso corto de vida, pues los pobladores requieren algo más duradero y sin filtraciones para su lugar de culto.
La expresión de este edificio es muy simple: un prisma rectangular de proporción horizontal, con contrafuertes adosados en el borde y en las esquinas. La fachada principal, la que aloja al acceso, es de gesto sencillo, sin grandes ornamentaciones y con la morfología que impera en esta área de Oaxaca. Un par de prismas verticales, que se quedaron esperando campanario por soportar, enmarcan la portada, que tiene un par de pilastras, una ventana en la parte superior y el acceso, que se forma con un arco de medio punto.
Por otro lado, las fachadas laterales son muy simples y no dejan ver más que un juego de haces de piedra verticales; sin embargo, la fachada oriente tiene un acceso lateral formado por arco e impostas, enmarcado por una portada muy sencilla. Al interior se consigue un espacio formado por la techumbre de madera y los muros lisos, sin pilastras. El presbiterio está definido por un arco de medio punto apoyado sobre impostas, y al otro lado el coro se soporta por vigas de maderas empotradas en ambos muros.
Los materiales constructivos de este edificio son la piedra y cal para muros, y la madera y teja de barro para la techumbre. No tiene a la vista ningún bien mueble de valor.
