El pueblo de San Cristóbal Amatlán se localiza sobre terreno montañoso, a unos 20 km de distancia al oriente de la ciudad de Miahuatlán. Como dato histórico, sabemos que fue fundado oficialmente en 1715, aunque en las Relaciones del siglo XVI aparece como San Luis, uno de los pequeños pueblos sujetos de Amatlán.
La capilla actual está totalmente reconstruida sobre el núcleo de la capilla antigua del siglo XVII. Forma parte del núcleo central de la localidad, en el que destaca por estar asentada sobre una plataforma elevada. El edificio es de una nave sobre planta rectangular, con un pequeño atrio cerrado al frente. Originalmente tuvo dos entrejes y el ábside. En la actualidad, solo se conservan los arranques de muros y contrafuertes, sobre los cuales se desplanta una estructura a base de tabique rojo, con castillos y cubiertas de concreto armado. La portada principal tiene una tribuna hacia el frente y un remate mixtilíneo con decoraciones. Las torres de los campanarios tienen cupulines esféricos con tambor octogonal.
La mampostería de los viejos muros es a base de grandes lajas irregulares de piedra caliza, trabadas en las aristas por piezas de mayor tamaño, sin la combinación de tabique que es característica de la región.
La forma y las dimensiones del nuevo templo repiten en el interior las que tuvo la capilla original, que cayó víctima de los sismos que azotaron la región en 1931.
