La compleja situación política prehispánica se refleja en el gran número de cabeceras separadas que existían durante el período colonial. El pueblo de San Esteban Atlatlahuca pudo haber tenido algunas estancias que fueron congregadas en 1603.
El templo es de una nave separada en cuatro tramos, cubiertos con bóvedas de pañuelo.
Su localización en la Mixteca Alta, azotada frecuentemente por fuertes sismos, y la falta de recursos por parte de la población para repararlo han sido la causa del deterioro progresivo del templo de San Esteban. En su interior se conservan, aunque en muy malas condiciones, el retablo del altar principal, cuyas esculturas están en el interior de la nave; fracciones de otros retablos barrocos y esculturas de madera del siglo XVI al XVIII, así como el púlpito barroco policromado.
Su portada, flanqueada por dos torres campanario, consiste en el gran enmarcamiento de medio punto que contiene el acceso, de la misma forma flanqueado por esbeltas columnas que sostienen una cornisa y la ventana coral de forma oval con derrame. Rematan todo el frontis tres frontones semicirculares, con una cruz al centro.
