En 1730 los religiosos franciscanos de la santa cruz de Querétaro recibieron licencia del Virrey Marques de Casa Fuerte para fundar en la Ciudad de México una comunidad dedicada a las misiones. Un grupo de ellos se instaló provisionalmente el 29 de Abril de 1731 y en Agosto de 1734, previa licencia real empezaron a erigir el colegio de propaganda FIDE de San Fernando; la iglesia y el convento se bendijeron el 19 de Abrill de 1755.
Los religiosos fueron exclaustrados a raiz del deterioro de sus habitaciones por el temblor de 1858. En el último tercio del siglo XIX empezó a poblarse la colonia Guerrero. El jardín que aun existe se formó en el sitio donde estuvo el camposante y los terrenos al lado oriente de la iglesia se reservaron para el panteón nacional posteriormente llamado de hombres ilustres, el cual subsiste.
DESCRIPCIÓN ARQUITECTONICA:
La iglesia es de planta de cruz latina. Pilastras; arcos torales y formeros. Bóvedas vaídas; pechinas; cúpula de gajos con planta octagonal. Los brazos del crucero y el ábside se cubren con bóvedas de cañón con lunetos. Una cornisa corre alrededor de la nave, uniendo los capiteles de las pilastras. Ventanas con marcos de piedras. Un extraordinario púlpito con tornavoz, en madra labrada. Un gran cuadro al óleo, verdadero mural, cubre el muro al poniente del crucero; rodea a una portda de piedra labrada, que conduce a la ante-sacristía. En el extremo opuesto hay fragmentos de un retablo del siglo XVII. Oleos en los tímpanos de las capillas laterales. El nivel original de la nave se encuentra muy por debajo del actual. En las excavaciones realizadas aparecieron restos del comulgatorio original de piedra.
En la ante-sacristía hay una portada de piedra labrada con pilastras, entablamento almohadillado y puerta de madera, que es la original, con la que se comunica con la sacristía; ésta se cubre con bóvedas de arista, arcos torales. Cajoneras; lavabo revestido con azulejos; cuadros al óleo de diferentes formas, tamaños y calidades. Se agregó una construcción con la que se amplía ligeramente el espacio; deforma en cambio la volumetría de la fachada lateral. Una portada neocolonial da acceso a la iglesia por la calle de Rosales.
Portada en tres cuerpos. En el primero hay columnas adosadas, con estrías ondulantes. Dos nichos con esculturas. Arco de medio punto. Los estípites del segundo cuerpo se desplantan sobre un zócalo.
En el último cuerpo se abre una claraboya octagonal y dos medallones con altorrelieves rematan a los estípities del segundo cuerpo. La torre del campanario fué concebida en dos cuerpos, separados con una cornisa. Dos claraboyas mixtilineas, una en cada cuerpo, y una ventana en el segundo, tienen marcos de piedra chiluca. Paramentos revestidos con sillarejos de tezontle. Campanario construido con mamposteria y molduras en buen estado de conservación. Remata con macetones alrededor de un cupulín revestido con azulejos; sobre éste hay una cruz de fierro forjado. En el contra fuerte con que se cierra la composición de la fachada, hay una cruz en altorrelieve; ejecutado con sillarejos de tezontle. Tiene restos del aplanado que lo cubrio durante algún tiempo. En el segundo cuerpo hay un escudo.
La iglesia colinda con una casa del siglo XIX, sin mérito alguno, y con el cementerio de San Fernando.
