Esta capilla, la más modesta de las que se integran al monasterio de San Agustín en Jonacatepec, se encuentra hacia el lado noreste. Su ubicación, fuera de cualquier posición de la traza clásica, es indicativa de un antiguo asentamiento de la misma época. Se encuentra dentro de un pequeño y bien conservado atrio.
La fachada es casi plana; sobresale ligeramente el marco que enmarca el acceso principal, con un arco de medio punto, y la sencilla ventana rectangular de coro. Se remata con una cornisa doble semicircular.
La torre también manifiesta sencillez: es un cuerpo rectangular con un vano de medio punto en cada cara, sin más adornos que una cornisa perimetral que sirve de base a otro cuerpo en forma de tambor estriado, que remata en una semiesfera apoyada sobre un juego de cornisas.
La construcción es de una nave cubierta con bóveda de lunetos, apoyada sobre arcos interiores, y el anexo correspondiente a la sacristía, sobre el muro del costado izquierdo, cubierta con bóveda de cañón. El presbiterio está cubierto con una primitiva cúpula cónica de estilo indígena, rematada con una linternilla de base cuadrada y ventanas orientadas exteriormente hacia los cuatro rumbos.
El patronazgo de San Francisco refleja las buenas relaciones que tuvieron los frailes de todas las órdenes durante los primeros tiempos de evangelización. Se refuerza también lo dicho por el cronista franciscano Mendieta al describir el recorrido hasta la llamada “tierra caliente” del actual estado de Morelos. Esto ubica la fundación de esta capilla en el siglo XVII.
