El conjunto llamado inicialmente de San Buenaventura surgió antes que la ciudad misma en el sitio llamado Lomas de Guayangareo, su construcción iniciada por fray Juan de San Miguel entre 1525 y 1536, el claustro sería concluído por fray Antonio de Lisboa y fray Juan de Serpa, en sus primeros tiempos no tuvieron mas de cuatro frailes que aumentarían su número en 1540 cuando el Virrey de Mendoza pasó rumbo a la guerra contra los chichimecas. El primer edificio fue de adobe, para fines del siglo XVI amenazaba ruina, por lo que la orden decidió edificarlo de cal y canto, obteniendo una limosna real de cuatrocientos ducados. La obra subsiste hasta nuestros días y su fecha de terminación se consignó en la fachada: 1610-
López Lara nos dice que administraba en 1630 los barrios de: Santiaguito, La Concepción y San Juan de los Mexicanos, y ocupaba un amplio sector al oriente de la ciudad, contando con cementerio y noviciado. Al frente del edificio se encontraba la capilla de la Tercera Orden construída en el siglo XVII por los hermanos del cordón dedicada a San Luis rey de Francia y a un extremo del atrio la capilla de la Virgen del Rosario.
En 1856 con la secularización se trazaron las calles de Humboldt y Antonio Alzate lotificándose la huerta, sólo cuatro años después se demolieron la Tercera Orden, la Capilla del Rosario y las Catorce ermitas de las estaciones que se ubicaban en el atrio, así como las tapias que lo rodeaban.
El atrio que originalmente contuvo el cementerio, fué utilizado para construir en él en 1872 la Plaza de la Constitución y el mercado que se encontraba en la Plaza de San Juan de Dios (Jardín Ocampo). En 1968 el mercado se demolió creándose una nueva plaza llamado Valladolid, hoy lamentablemente invadida por vendedores ambulantes.
La fachada, sirve de remate a la calle Valladolid creándose un importante foco visual, es de pañería de cantera dividida en dos cuerpos: el inferior con el acceso de medio punto y arco de extradós abocinado, enmarcando entre molduras flores y veneras, el primer tramo, que se apoya en pilastras de alta base y fuste tablerado con capitel corintio; el segundo tramo del extradós ligeramente más resaltado se ornamenta con flores.
Flanqueando el acceso se encuentran dobles columnillas de fuste liso y capitel corintio sobre achaparradas columnas toscanas con fuste de tablero y alta basa, que soportan un entablamento moldurado con dentellones y friso sin decorar que rematan en pináculos tipo almenas. En la parte central, están dos nichos vacíos con veneras y en los extremos dos más, también con veneras delimitan el paramento.
Alineadas a eje con las columnas anexas al acceso se encuentran columnas candelero pareadas que flanquean la ventana rectangular del coro finamente moldurada en canales y contracanales que soporta un entablamento de friso plano sobre el cual desplantan dos frontones curvos con el interior dentado y almenas de pináculo en los vértices superiores. Al centro está el escudo de la orden con los brazos de Jesús y San Francisco coronados por la cruz latina.
El paramento Norte cuenta con la tradicional puerta porciúncula que estuvo tapiada por una capilla hoy demolida, consta de doble pilastra tablerada sobre basas lisas de capitel denticulado sobre el que se apoya un arco de grandes dóvelas encasetonadas que se decoran tanto en el intradós como en el extradós, y se limitan por doble canaladura.
La torre es de dos cuerpos desplantados sobre un basamento que data de tiempos de la original construcción, alberga en su interior el bautisterio, al que se ingresa por un acceso con portada del siglo XVI. En el interior podemos ver un texto que dice: ...Recuerdo de la bendición que dio el Excmo. Arzobispo Dr. Don Luis M. Altamirano y Bulnes a esta torre reedificada después de cuatro siglos por el R.P. Fray Francisco N. Landaverde. Noviembre 19 de 1948..., lo que nos indica que los cuerpos superiores fueron construídos en ese año.
La nave es de un solo cuerpo con ábside poligonal, ubicada oriente poniente, desplanta su gran mole de muros de cal y canto, en un sistema poco común en Morelia, ya que se utilizó argamasa de cal, nada usual en la ciudad, aplanados por el interior y aparentes al exterior, los confesionarios hacia el convento fueron tapiados, así como el acceso claustral y el de la portería. El piso es de mosaico.
La nave se divide en tres tramos, separados por cubiertas de bóveda de pañuelo apoyadas en arcos fajones de medio punto que surgen de ménsulas empotradas al muro, la decoración imita las nervaduras Serlianas. El presbiterio se ubica en el ábside exagonal y se cubre con media naranja con nervaduras que descansan sobre un entablamento neoclásico, que enmarca el ciprés y se une en la clave de un arco de medio punto sobre pilastras que junto con otro arco similar forman el recuadro para el desplante de las pechinas sobre las que se apoya la cúpula de media naranja sin tambor, decorada en gajos.
Se complementa con cuatro retablos neoclásicos dedicados a La Virgen del Perpetuo Socorro, y la Guadalupana al Norte y La Virgen del Pueblito y San Antonio de Padua al Sur. En el ciprés se alberga la imagen de la Inmaculada Concepción y en uno de los nichos laterales está San Francisco.
El coro, a los pies de la nave se apoya en arco de medio punto sobre impostas y alberga en su interior la sillería de 1746 con doble hilera de sitiales a dos niveles labrados con guardamalletas, el facistol ya no existe.
El claustro se desplaza alrededor del patio cuadrado y se rodea de pórtico columnado con la portería al frente, fué adjudicado en 1860 al Ing. Guillermo Sorinne que lo rentó para viviendas conviertiéndolo en vecindad, remodelando algunos locales para usarlo como hotel sin que concluyera el proyecto, en 1931 se establecieron las oficinas de La Federación Michoacana del Trabajo y en 1972 el gobierno de Estado lo convirtió en Casa de las Artesanías.
La única parte que se cedió a la iglesia fue la Sacristía y la Antesacristía, la primera se usa como salón de reuniones al que se ingresa mediante una portada de medio punto con jambas y extradós acanalados con enjutas decoradas con dos florones. En el interior encontramos sobre una cómoda dieciochesca dos lienzos de medio punto: La última cena, con frailes franciscanos en vez de apóstoles y San Francisco de Asís, ambos firmados por Ballejo Fc.
No encontramos en el sitio el cuadro de Jesús con sus seis alas de Serafín que conocimos en 1984.
En la parte posterior del ábside se ubica la casa cural donde una vez funcionó el primitivo Colegio Nicolaita, en este sitio se encontraba el acervo franciscano de Michoacán y una magnífica serie de cuadros con los mártires de la orden en el Japón durante la Evangelización, así como espléndidas piezas de mobiliario barroco que se salvaron de la remodelación de la iglesia del siglo XX.
No hace aún cuatro años, el actual párroco el padre Willy cambió los lienzos de las pechinas por otros nuevos, sin indicar el paradero de los originales.
