La capilla de San Francisco se ubica en lo alto de una de las colinas que rodean a la localidad de Mihuatlan. El conjunto consta de una barda atrial, construida recientemente, el templo, un campanario lateral, y el volumen de la sacristía
El volumen de la nave es sencillo con contrafuertes laterales y una sacristía de construcción reciente adosada en el costado sur. Se pueden apreciar las numerosas modificaciones que ha sufrido en el tiempo: la incorporación de las torres y campanarios, y la restitución de una nueva cubierta de concreto a modo de bóveda de cañón corrido
La cruz atrial que aún se conserva, sobre un pedestal octogonal y de adobe. Al fondo se aprecia el acceso a la capilla, con una puerta también restituida recientemente.
La portada actualmente consta de las dos torres con sus campanarios, el imafronte de un sólo cuerpo y la bóveda que se asoma por sobre el imafronte y por detrás de los campanarios, que le da un aspecto de extraño remate a la portada.
El cuerpo del imafronte es muy sencillo, con pilastras que flanquean la puerta de acceso y con una cornisa superior que lo encuadra. Tanto las torres, campanarios e imafronte se encuentran aplanados y pintados a la cal en blanco Los fustes, basas y comisas han sido pintados en tonos ocres y amarillos, lo que realzan los pocos elementos decorativos que posee la capilla.
En el interior también se aprecian los trabajos de pintura y aplanado, así como la incorporación de la cubierta ya que originalmente debe haber sido a dos aguas. El altar, también nuevo, presenta tres cajas, con las imágenes de la Virgen de Guadalupe, San Francisco y el Niño.
El interior hacia el acceso, muestra la entrada de los contrafuertes, y la integración de comisas y pináculos en la parte superior de éstos. La forma de la cubierta generada por un arco de tres centros, le otorga a la capilla, una espacialidad muy distinta a la característica de la zona.
