Según la etimología náhuatl, Ixtlán significa "lugar de garzas", y la fundación española hecha por Lucas Carrillo fue en el año de 1598 aproximadamente, según la tesis del Dr. Armando Torres (1949, México).
El Obispado de Michoacán, en 1765, transcribe el informe del bachiller don Luis Ma. Fernando de Cos y León, cura por Su Majestad, vicario y juez eclesiástico del pueblo de San Francisco Ixtlán, al obispo en respuesta a la Carta Cordillera: "Digo que este pueblo de San Francisco Ixtlán se compone su vecindario tan solamente de 48 indios tributarios y una familia de razón; tiene anexo el pueblo de San Cristóbal Paxaquarán..." (p. 192).
Desconocemos cuál templo fue la cabecera del curato donde residía el bachiller, aunque pensamos que se trata del antiguo conjunto franciscano, actualmente denominado Templo de San Francisco, que debió ser demolido para hacer la reciente construcción que hoy vemos, la cual dio inicio el 21 de julio de 1957 y concluyó en 1958, consagrándose en 1959.
Se ubica frente a la plaza principal del pueblo, que anteriormente, según indica su proporción, constituía el atrio del antiguo edificio franciscano.
Por tratarse de una obra nueva, no vale la pena que se describa. Según información proporcionada por el párroco Luis Carabez, que estaba en funciones en 1984, se conservan algunas imágenes de madera, siendo la más antigua la de San Francisco; están, además, un Cristo, la Inmaculada, la Asunción, la Medallita, la Soledad y el Sagrado Corazón; el resto son de pasta. Una de las campanas es del año 1907 y existen archivos parroquiales desde 1737. Se conserva aún la primitiva pila bautismal en uno de los anexos.
