l conjunto de San Francisco Cajonos está compuesto por un atrio y el templo con sacristía. El atrio se encuentra claramente definido por una barda atrial de piedra, con un acceso principal alineado con el eje longitudinal del templo y accesos laterales. Un cuarto acceso se abre hacia un costado del templo para dar paso al área exterior de la sacristía. Los accesos quedan flanqueados por pequeñas jambas coronadas por cornisas que soportan arcos trilobulados con almenas a los lados.
La portada principal es de forma apaisada y casi todos sus elementos se encuentran en un mismo plano, a excepción de pilastras, cornisas y algún elemento ornamental, y las torres de los campanarios que rebasan ligeramente el plano de la portada. Dichas torres rematan con una cornisa al mismo nivel donde termina el cuerpo central de la fachada; desde este nivel se levantan los campanarios. La portada remata a todo lo largo de su extensión con una balaustrada. Un arco de medio punto sobre cornisas y pilastras, todo en piedra aparente, forma el acceso al interior del templo.
El adosamiento de una construcción de dos niveles a un costado del templo sustituyó parte de la barda atrial desde uno de los accesos laterales. El edificio está construido con sillarejos de piedra y esquineros labrados. La fachada lateral sur tiene grandes contrafuertes que contienen los empujes de las bóvedas a distintas alturas. También se adosa a esta fachada una sacristía de piedra con acceso desde el exterior y el interior del templo. Un acceso lateral de fecha posterior a la construcción del templo se abre en este costado; se trata de un arco de medio punto formado con tabique y cemento en una sección del muro con la huella de intervenciones previas.
El templo se encuentra muy modificado; es del siglo XVI, de una sola nave con capillas cripto colaterales. Una bóveda de cañón corrido cubre toda la nave hasta llegar al presbiterio, donde se levanta una bóveda octagonal sobre pechinas. A principios del siglo XX, un incendio tuvo lugar en el interior del inmueble; como consecuencia de este incidente, se perdió la cubierta, el altar y los retablos con que contaba, quedando en pie los muros de piedra y la bóveda del presbiterio. Entre 1952 y 1960 se llevó a cabo la reparación del edificio, restituyendo la bóveda de cañón por una de concreto armado. El coro queda contenido bajo la última sección de la bóveda de cañón; hoy es una estructura soportada por un arco central y dos medios arcos que se apoyan contra los muros y sobre dos columnas.
Desde el exterior se tiene acceso a la escalera que conduce al interior de la torre, primero al coro y luego al campanario. Llama la atención la decoración profusa que adorna el arco real y el par de pilastras sobre las que descansa: más prominentes que las del resto de la nave, estas pilastras tienen además el fuste decorado con estrías y rematan con un capitel corintio con motivos de hojas de acanto y pigmento color oro; así también, los motivos en la yesería que acompaña al arco y al basamento de las pilastras.
