El Convento de San Francisco fue el primero que se fundó en la provincia de Zacatecas en el año de 1567, construyéndose al igual que su Templo, en un lapso muy corto. El 7 de diciembre de 1648 se incendió el Templo, por lo que debió iniciarse una la nueva construcción el 15 de marzo de 1649, terminándose por último las bóvedas y el frontón.
Al igual que las demás ordenes religiosas, los Franciscanos tuvieron que dejar su convento al entrar en vigor las Leyes de Reforma; durante estos años el convento quedó en el más completo abandono, mientras que el Tempio siguió en uso hasta por los años de 1924 que se suspendió el culto, debido al derrumbe de las bóvedas.
Una construcción característica del siglo XVI con un portal de peregrinos en la fachada principal, el cual conformado por cuatro arcos de medio punto divide la fachada en planta baja y planta alta en una serie de cuatro vanos también, sólo que en proporciones rectangulares verticales y con diferencia en la relación vano-macizo.
En una buena mayoría el convento se encuentra en ruinas por lo cual también está dividido en ahora espacio cultural dentro de una zona de ruinas y un museo de máscaras ahora llamado Museo Rafael Coronel. Dentro de una extensión más del inmueble. Estas ruinas y vestigios dan una idea aún de cómo se conformaba antiguamente el edificio, algunos arcos que siguen trabajando sin cargar más que su propio peso marcan también senderos por los cuales seguramente se deambulaba a la sombra de la losa que ahora es inexistente. También se dejan notar los claustros que, por ser espacios abiertos el cambio de pavimento indicaría su posición. Algunas escaleras que ahora se encuentran inconclusas dirigían hacia la planta baja. La gran extensión de este convento tiene por consecuencia una gran cantidad de espacios muy peculiares como son algunas terrazas, lugares individuales de lectura junto a una ventana para el aprovechamiento de la luz solar, innumerable cantidad de celdas que ahora son parte de algunas salas de exposición del museo de máscaras.
El sistema constructivo con el uso de materiales como piedra y la necesidad de refuerzos como los contrafuertes que se presentan en casi toda la edificación y en su mayoría son de arco tipo botarel, participa en el diseño de los espacios interiores y exteriores que con la zona en ruinas y los vestigios que aún quedan en pie logran cierta misticidad en el espacio que se confunde ahora el interior con el exterior y viceversa.
Observaciones.
Como parte del proyecto de usar el convento como museo, se han dejado algunas estructuras destruidas para conservar parte de la historia del lugar. Tomando en cuenta esto podríamos decir que el lugar se encuentra en un buen estado de conservación tanto las ruinas como las salas de exhibición
