Desde la fundación de la Villa de Colima de 1525, los franciscanos del convento de Zapopan, Jalisco, atendían los pueblos indígenas de Colima. En febrero de 1554, al fundarse la Villa de San Francisco de Almoloyan, se funda a la vez el Templo y Convento designado con el mismo nombre. Esta era una villa de españoles, quienes se oponían a que el convento.
fuera construido para los indígenas. La insistencia y fe de los franciscanos lograron la construcción del convento en el año de 1556. Se fundó un pueblo alrededor de él con 200 familias indigenas, fundo legal y el derecho de formarse al mismo. En 1585 recibió el titulo de Curato-Doctrina, que fue atendido por los frailes franciscanos hasta 1767 cuando lo entregaron al clero secular. En éste año el templo recibe el titulo de curato y funciona medio siglo más, hasta que el sismo de 1818 lo destruye.
El templo estuvo en ruinas aproximadamente 85 años. Se construye un segundo templo que fue bendecida el 4 de Octubre de 1903, éste inmueble duró 38 años en pie y que el sismo del 15 de abril de 1941 lo volvió a destruir. La construcción del actual templo se inicia el 9 de abril de 1943 al noroeste de las ruinas del antiguo convento. Para la cimentación se uso piedra labrada del templo anterior. El diseño del nuevo templo lo realizó el Ing. Julio Gordillo. Se termina en 1946.
De las ruinas del convento franciscano solo resta el cubo del viejo campanario que es de planta cuadrada con acceso en la parte posterior, utilizando como bodega de mantenimiento del jardín de San Pancho. El jardín está localizado entre las avenidas; de los Maestros y Maclovio Herrera. El límite oeste es también el limite que divide a Colima de Villa de Alvarez.
