Desde la fundación de la Villa de Colima en 1525, los franciscanos del convento de Zapopan, Jalisco, atendían los pueblos indígenas de Colima. En febrero de 1554, al fundarse la Villa de San Francisco de Almoloyan, se funda a la vez el templo y convento designado con el mismo nombre. Esta era una villa de españoles, quienes se oponían a que el convento fuera construido para los indígenas. La insistencia y fe de los franciscanos lograron la construcción del convento en el año de 1556. Se fundó un pueblo alrededor de él con 200 familias indígenas, fundo legal y el derecho de formarse al mismo. En 1585 recibió el título de Curato-Doctrina, que fue atendido por los frailes franciscanos hasta 1767, cuando lo entregaron al clero secular. En este año, el templo recibe el título de curato y funciona medio siglo más, hasta que el sismo de 1818 lo destruye.
El templo estuvo en ruinas aproximadamente 85 años. Se construye un segundo templo, que fue bendecido el 4 de octubre de 1903; este inmueble duró 38 años en pie y el sismo del 15 de abril de 1941 lo volvió a destruir. La construcción del actual templo se inicia el 9 de abril de 1943 al noroeste de las ruinas del antiguo convento. Para la cimentación se usó piedra labrada del templo anterior. El diseño del nuevo templo lo realizó el ingeniero Julio Gordillo. Se termina en 1946.
de las ruinas del convento franciscano solo resta el cubo del viejo campanario, que es de planta cuadrada, con acceso en la parte posterior, utilizado como bodega de mantenimiento del jardín de San Pancho. El jardín está localizado entre las avenidas de los Maestros y Maclovio Herrera. El límite oeste es también el límite que divide a Colima de Villa de Álvarez.
