Templo de planta de cruz latina, con nave, presbiterio, transepto, coro y sotocoro; también tiene sacristía, capilla del Sagrario y oficina parroquial. El atrio fue sustituido por el jardín de San Francisco, que rodea al templo. El estilo neoclásico domina la composición del conjunto.
El presbiterio contiene el altar de San Francisco de Asís, adosado al muro posterior. El coro es una bóveda franciscana sostenida por tres arcos de medio punto; el arco central es el mayor. Están sostenidos por pilares con columnas adosadas al frente. En los extremos del transepto hay dos altares de manufactura reciente: el altar poniente está dedicado a la Virgen del Carmen y el oriente, a la Purísima Concepción. En la esquina suroeste del crucero hay empotrado un púlpito de madera del siglo XIX, sin uso.
de los muros laterales del templo sobresalen pilastras con capiteles alusivos al corintio, unidas por arcos formeros de medio punto. Tienen como cerramiento un friso dentado, rematado en cornisa; de este friso arranca la cubierta de bóveda de arista que cubre el edificio, delimitada por arcos fajones y adornada con nervaduras. En el crucero, sobre los arcos torales y las pechinas, se desplanta el cimborrio y la cúpula ochavada con linternilla.
La capilla del Sagrario es de una sola nave, con altar del siglo XX construido en cantera; al centro del altar hay un nicho vacío. Esta capilla, al igual que los espacios anexos al templo, usa el mismo sistema de cubiertas con bóvedas de arista.
El exterior contrasta con el interior en cuanto a ornamento, color y acabado: se aplanó la fachada principal y parcialmente las fachadas laterales; los demás muros están sin aplanar. Las torres son policromadas; su manufactura es posterior al resto del templo.
La fachada principal tiene portada al centro, que enmarca el acceso principal, como la ventana coral; es de evocación neoclásica, con dos cuerpos que presentan columnas pareadas. Cada cuerpo remata en un entablamento dentado. La portada concluye en un frontón roto que da marco al cuerpo del reloj. El reloj se ubica en un segundo plano.
Las dos torres son de un cuerpo; están constituidas por el campanario, y este es rematado por un cupulín con cimborrio y linternilla, similar a la cúpula del crucero.
En las fachadas laterales hay accesos con portada neoclásica, formada por columnas, un entablamento superior y frontón rebajado como remate.
