La localidad de San Marcos se encuentra internada en los páramos que ascienden hacia la sierra de Santa Rosa, muy próxima a la cañada de la ciudad de Guanajuato. Esta pequeña población cuenta con cerca de cien viviendas y una pequeña capilla dedicada a San Isidro Labrador, advocación que no es común encontrar en las iglesias de la región guanajuatense, ni aun en las fértiles tierras del Bajío.
La pequeña capilla cuenta con una planta de una sola nave, con ábside ochavado y cuatro divisiones en tramos, lo que revela la antigüedad de su construcción; presenta cubiertas en bóveda de cañón corrido sobre arcos de medio punto en los estribos de los tramos. Del mismo modo, presenta la particularidad de no conservar la estructura del coro.
La fachada principal muestra un muro de paños lisos que se ornamentan con la pequeñísima portada, que se limita a un enmarcamiento del vano de acceso en medio punto, cuya imagen original fue la cantera labrada (lamentablemente, hoy recubierta por varias capas de pintura vinílica). Bajo esa intervención se distinguen dos pilastras entableradas al gusto de la primera mitad del siglo XVIII, entre las que destaca una formidable clave tallada con la imagen de Santiago Matamoros.
Sobre el lado del evangelio destaca una interesante torre de un solo cuerpo y remate, cuyo estado de conservación es lamentable. En cada una de sus caras se ubicaron dos medias muestras toscanas que flanquean un arco de medio punto y soportan un entablamento de cornisa denticular. Remata este conjunto un cuerpo piramidal con claraboyas sobre las superficies oblicuas y un elemento con la forma que semeja una corona.
El interior conserva un sencillo retablo mayor de concepción neoclásica, cuyo cuerpo central contiene una valiosa pintura de caballete del siglo XVI o principios del siguiente, que representa al santo titular, Isidro Labrador.
