El segundo Marqués de Salvatierra, Miguel de Cervantes y Estanillo, construyó los edificios correspondientes a: El puente de San Antonio, que da acceso a la hacienda cruzando el río Coxcacoacoz, el pórtico principal, amplió la casa principal, edificó el Panteón Familiar, acondicionó la calzada de Texcoco, trazó y construyó los hermosos jardines ubicados entre el casco de la hacienda y la capilla del Señor de la Presa y, por supuesto, la iglesia dedicada a San Joaquín. La construcción dio inicio en 1880 y concluyó en 1892. El estilo empleado del conjunto, según los datos locales, corresponden al "pseudo clásico" y al "pseudo gótico". Para no entrar en conflictos de criterio, puede decirse que más bien obedeció al gusto de la época, el ecléctico, que echaba mano de diversos estilos otrora importantes y destacados.
Pasemos a la descripción del templo en sí. Primeramente, nos avocaremos a la descripción del cuerpo central de la fachada, Puede verse la coloración en un ladrillo claro, con los ornamentos pintados en lo que debió se un rojo ocre. Se aprecian los cuerpos sobresalientes de las torres, a manera de balcones. Puede decirse que esta solución es singular, acorde al carácter ecléctico del edificio que pudiera confundirse con el estilo barroco; esto acentuado más por el óculo al estilo del barroco churrigueresco o ultra barroco que podemos apreciar en edificios del siglo XVIII -ejemplo, Capilla del Pocito, de Francisco Guerrero y Torres en la Villa de Guadalupe, México-. Sin embargo, este no es el caso. Ahora, por otra parte, debemos destacar la existencia de dos cuerpos en la calle principal, en donde aparecen pilastras pareadas de fuste liso pero con capiteles tipo corintio. Pueden verse frisos decorados con elementos fitomorfos y florales. Se aprecia que los acabados estaban realizados con pintura a la cal, en colores ladrillo, mismos que se han ido perdiendo. Debido a los desprendimientos de aplanados, puede verse que la fábrica del edificio se hizo con ladrillo rojo recocido. Los aplanados son de cal, muy deslavados en la actualidad.
El interior de la capilla de la hacienda es muy modesto actualmente. Puede apreciarse que el espacio es reducido, lo cual no aparenta desde el exterior. La vidriería pintada en amarillo baña la atmósfera con un misticismo muy especial.
Presenta coro -con muy buena herrería a manera de barandilla y sotocoro.
En cuanto a las cubiertas, corresponden a bóvedas de crucería apoyadas en arcos fajones, cuyos nervios están decorados con incrustaciones en dorado, las cuales poco a poco se han ido perdiendo presa de las filtraciones. La decoración debió ser de buena factura contrastando los vivos dorados contra el fondo en blanco. La diversidad de los elementos geométricos decorativos y aquellos que imitan flores son notables. Sin duda, y por la decoración que sobrevive a pesar de las filtraciones y de la humedad, debió ser fabulosa. No presenta retablo principal. Destaca la ornamentación y la molduración de cornisas y filetes, incluidos ovos y "cordones" florales a lo largo de la nave en los arranques de las bóvedas.
La cúpula del transepto es octogonal sobre arcos formeros y pechinas. Por el extradós el tambor octogonal se encuentra peraltado medianamente, y su despliegue de bóvedas es rebajado, con sutiles nervios al exterior. Su linternilla es cilíndrica y rematada por una cruz de piedra.
Las torres llaman mucho la atención. La extraña extensión del cuerpo por sobre el cubo, denota su carácter ecléctico. Pudiera confundirse con un estilo barroco, de no ser porque se sabe bien de su época constructiva, a finales del siglo XIX. Sin embargo, el diseño de pilastras y cornisas en conjunto en las torres, tiene una concepción plena de gracia, como podrá verse más adelante en las gráficas de la fachada.
