San José Mogote ha existido durante más de 3500 años; posiblemente fue el primer pueblo que se fundó en la etapa de las aldeas (1500 a. C.-500 a. C.), siendo el más grande de esa época. Comprende terrenos de Guadalupe Etla, toda la agencia de San José Mogote y terrenos de San Sebastián Etla. Aquí, por primera vez, se definieron las culturas antecesoras de la famosa ciudad de Monte Albán. Durante el apogeo de este centro, San José Mogote sirvió como la cabecera del valle de Etla. También tenía su palacio, sus templos y su juego de pelota. Se abandonó alrededor de 400 años antes de Cristo.
Poco antes de la llegada de los españoles, fue ocupado nuevamente, conformando así un pequeño poblado de campesinos.
La pequeña capilla cuenta con un acceso actualmente desde el exterior de la ex hacienda. Un muro liso, con remate irregular y con un vano rectangular, sirve de portada a la capilla, que aún forma parte integral del conjunto que ha llegado hasta nuestros días.
