Algunos pueblos políticamente subordinados a Huajuapan pertenecían a parroquias cuyo centro estaba en otra jurisdicción adyacente. San José Ayuquila era visitado desde Chila.
Su planta es de cruz latina, separada en tramos por contrafuertes de sección cuadrangular y circular en las esquinas del presbiterio, con sacristía y bautisterio. Está cubierta con bóveda de cañón con lunetos, restaurada recientemente por la comunidad, y una cúpula aperaltada sobre el crucero.
La portada es de reminiscencia renacentista, flanqueada en toda su altura por pilastras de ladrillo rematadas con pináculos apuntados. Está compuesta de dos cuerpos y remate: en el primero, el acceso de medio punto está flanqueado por columnas pareadas que sostienen entablamento, rematando con un frontón curvo al centro y columnas candelabro en los extremos; el segundo cuerpo presenta el mismo esquema en menores dimensiones para acentuar la sensación de ascensión, y remata con un elemento circular; todo el frontis se corona con una cornisa de línea quebrada.
Del lado sur tiene una torre compuesta por basamento y campanario de dos cuerpos y remate, fechado en 1946.
