Bella imagen de estilo barroco es la que representa la fachada de la capilla de San Juan. Las cuatro pilastras que sobresalen del plano de paramento le dan a la vista un sentido de movimiento vertical, que combina de forma agradable con los vanos y hornacinas del resto de la fachada.
La portada se compone de dos cuerpos: el inferior, con el acceso principal alargado en arco de medio punto moldurado y flanqueado por dos pares de pilastras de sección cuadrada, que contienen entre sí una hornacina con la misma moldura que el acceso y que cierran horizontalmente con una arquitrabe abultada, la cual, a su vez, es la base del tablero superior, que presenta los mismos motivos pero de menor altura, con pináculos y la gran ventana de coro de forma curvilínea.
El remate superior es de forma mixtilínea, formado con molduras y una base esférica sobre la que se alza una cruz de hierro.
Sobre el lado izquierdo se levanta el basamento cuadrado y la torre del campanario, compuesta de dos cuerpos de igual volumen; cada uno tiene un vano alargado con arco de medio punto en cada cara, flanqueado con molduras y cornisas en cada esquina.
Finalmente, el coronamiento es... La planta rectangular de la nave está cubierta con bóveda de cañón, soportada por arcos interiores, y la sacristía, sobre el fondo del costado izquierdo, está techada también con bóveda de cañón. En el interior, en el ábside plano, se encuentra un sencillo pero interesante retablo.
La traza urbana de Zacualpan de Amilpas está regida por la barranca de Amatzinac. El barrio de San Juan se encuentra al sur del poblado y, sobre un cerrito, se levanta la capilla que, según archivos, data del siglo XVII.
