No hay datos precisos de si San Juan Cópala era sujeto de Putla, Justlahuaca o Tecomastlahuaca; para 1600, esta comunidad triqui tenía dos pequeñas estancias que debían ser congregadas en Putla. El nombre triqui de Cópala era Sahatnuncuti.
El templo que existe data del siglo XIX; es de una nave, con cúpula en el presbiterio y su portada principal de dos cuerpos, flanqueada por un basamento incompleto y una torre campanario.
