San Juan Chicomexóchitl se localiza en la región norcentral de Oaxaca. Aun cuando se decía que Chicomexóchitl había sido fundada por cuicatecos poco antes de la conquista española, para 1570 toda el área estaba habitada por hablantes del dialecto serrano del zapoteco.
Para 1570 había clérigos en San Juan Chicomesúchil y Santa Catarina Iztepexi; cada uno visitaba lugares en jurisdicciones políticas adyacentes. A continuación, el cura de Chicomesúchil se trasladó a Ixtlán, pero en 1702 el primero de estos lugares se convirtió nuevamente en sede de doctrina.
El templo que se conserva hasta hoy es de una sola nave, con muros de adobe y la cubierta de lámina metálica. Su fachada está flanqueada por dos contrafuertes de mampostería con remates piramidales; al centro se levanta la portada de acceso, lisa, con un tímido enmarcamiento de argamasa. Una pequeña cornisa separa el frontón superior, interrumpido por un vano de medio punto.
