El templo de San Juan Coaxozpan es de una nave construida con gruesos muros de mampostería, reforzados con cortos contrafuertes de sección cuadrangular rematados con pináculos.
Su cubierta es a dos aguas, construida con estructura de madera, y hojas de lámina al exterior.
Tiene una pequeña sacristía anexa al presbiterio, y una torre campanario al norte de la fachada principal.
Su portada es de estilo renacentista, y sigue el esquema de los dos pórticos sobrepuestos. El primero aloja el vano de medio punto del acceso principal, flanqueado por columnas pareadas con nichos en los intercolumnios. En el segundo, tiene la ventana coral.
Es importante mencionar que en su interior aloja un rico mensaje cultural, constituido por cinco retablos barrocos.
