El templo original, de planta rectangular, de mampostería y cubierta a dos aguas, se ha perdido. En su lugar se ha construido una nueva sede, también de planta rectangular, más ancha que larga, cubierta con trabelosas. Asimismo, cuenta con anexos que funcionan como oficinas y casa cural.
La siguiente información fue tomada textualmente del Catálogo de Construcciones Religiosas del estado de Yucatán, editado por la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, Dirección General de Bienes Nacionales, formada por la Comisión de Inventarios de la Cuarta Zona (1929-1933), recopilado por Justino Fernández.
"SAN JUAN.
HISTORIA. No se pudo saber de cuántos años data la construcción del templo, ni tampoco cuándo tuvo lugar el derrumbe del techo.
DESCRIPCIÓN. El templo de San Juan es de un solo cuerpo, con una espadaña en la fachada. Sus muros son de mampostería y el techo era de tejas a dos aguas, el que se derrumbó; las tejas son marsellesas y se conservan almacenadas en el interior de la iglesia. A la derecha de la entrada principal está un pequeño bautisterio. Al fondo hay dos escalones para subir al presbiterio, el que tiene un altar central de mampostería.
El atrio, que tiene por el norte, sur y poniente, es pequeño y de la barda que lo limitaba únicamente queda parte de los cimientos.
CONDICIONES MATERIALES. Su estado de conservación es bastante malo."
