El conjunto está dentro de un atrio de buenas dimensiones, con dos accesos atriales. Sobre el costado derecho de la nave se han construido anexos que se integran a la sacristía. El sobrio jardín sobre el costado izquierdo y la frente del templo (sur) ha sido reducido con la construcción de ingenuos elementos religiosos, como kiosco, cruz atrial, andadores, portales, etc.
La fachada del templo está formada por dos cuerpos verticales: la portada con remate y el basamento de la torre con el campanario, formado por dos cuerpos.
El primer cuerpo de la fachada está formado por el vano de entrada, enmarcado por una forma trapezoidal que descansa sobre jambas, flanqueado por pares de columnillas que sostienen un friso y una cornisa; al centro de cada par de columnillas hay un nicho y un motivo ornamental en forma de triángulo truncado. El segundo cuerpo contiene la ventana de coro, de forma polilobulada, flanqueada por la continuación de las columnillas, nichos y motivos del tablero inferior. Sobre la ventana de coro, a partir de la cornisa, se levanta un pequeño tablero formado por un nicho vacío, flanqueado por columnillas que cierran en cornisa. Finalmente, se remata la fachada con un muro de perfil semicircular y, al centro, un cubo que contiene la carátula de un reloj, coronado por un cupulín y la cruz.
La torre, que se levanta sobre el lado derecho, consta de dos cuerpos de planta cuadrada y diferente proporción, con vanos de medio punto y dos pares de columnillas en cada lado. El remate es un cupulín con linternilla que sostiene una cruz.
La planta del templo es una cruz latina, cubierta con bóveda de arista, excepto en el área del presbiterio, donde se levanta una cúpula de tambor y forma octagonal peraltada, coronada por una linternilla. En el interior, bajo la torre, hay un bautisterio techado con bóveda de arista, donde se encuentra una sencilla pila bautismal de piedra. El coro está soportado por una estructura de arco rebajado sobre pilastras que se integran a las demás que soportan los arcos interiores de las siguientes bóvedas.
A los cuatro lados del presbiterio, donde se levanta la cúpula, están los arcos interiores de soporte sobre columnas, formando en sus esquinas una sección en forma de “L”, coronada con una cornisa. El ábside del muro testero es de forma poligonal y el altar mayor se protege con un ciprés de estilo neoclásico. En los muros laterales hay nichos con esculturas de bulto y retablos de madera pintados en colores pastel. El antiguo piso de madera fue recientemente sustituido por loseta.
El asentamiento de Huitzilac fue, en el siglo XVI, una de las ochenta y dos estancias sujetas a Cuernavaca y, con la llegada de los franciscanos, se estableció una visita bajo la advocación de San Juan el Bautista, atendida desde el monasterio de Cuernavaca. Las demostraciones religiosas de los grupos gremiales del siglo XVIII se manifiestan en ofrendas de manufactura sencilla, como es el caso de los retablos.
