El templo tiene un atrio de medianas proporciones, y su fachada sencilla solo se interrumpe por un grotesco aumento al frente, que sustituye a las tradicionales enramadas efímeras rituales.
Sobresale, sobre el lado izquierdo de la fachada, el basamento cuadrado de la torre del campanario, formada por tres cuerpos de diferente proporción e idénticos acabados. Las caras son planas, con vanos en arco de medio punto y boquillas lisas en las esquinas verticales, solo señalados por sencilla moldura perimetral y coronados, finalmente, con un gracioso remate de forma esférica con una cruz de hierro.
La sencilla portada, formada por el ingreso principal con arco de medio punto y, sobre este, una ventana similar de coro, termina con un remate semicircular sobre el muro liso.
La planta es una cruz latina de capillas laterales reducidas, cubierta con bóveda de cañón soportada por arcos interiores y apoyos aislados a base de pilastras adosadas a los muros laterales. Sobre el costado del muro derecho se ubica la sacristía, también cubierta con bóveda de cañón de eje transversal al de la nave principal.
El coro y sotocoro están soportados por una bóveda de arco rebajado.
En el interior, la decoración es sencilla, pero el altar mayor está enmarcado por un pequeño retablo de estilo neoclásico, que se diferencia de los diferentes objetos modernos que iluminan y adornan el ambiente.
Panchimalco fue uno de los pueblos sujetos a Cuernavaca hasta la llegada de los españoles, pero respetado como barrio sin reducirse. Sobre el asentamiento prehispánico, los franciscanos construyeron una visita que atendían primero desde Cuernavaca y después desde Tlaquiltenango. El patronazgo de San Juan Bautista es indicativo de su temprana evangelización, y las estructuras prehispánicas que se conservan sugieren que la fundación del templo data de principios del siglo XVIII.
