En el siglo XVIII empieza la decadencia de la orden de los dominicos, al tomar el clero secular los templos y la construcción de ellos, como en San Juan Bautista Nochixtlán.
Su construcción data del siglo XVIII, con una portada barroca, cuenta en el altar mayor con un retablo también barroco, que contiene seis esculturas estofadas. Un retablo lateral fechado en 1782 con cinco pequeños óleos y uno grande de la Virgen de Guadalupe.
