En el siglo XVIII empieza la decadencia de la orden de los dominicos, al tomar el clero secular los templos y la construcción de ellos, como en San Juan Bautista Nochixtlán. Su construcción data del siglo XVIII, con una portada barroca; cuenta en el altar mayor con un retablo también barroco que contiene seis esculturas estofadas. Un retablo lateral, fechado en 1782, presenta cinco pequeños óleos y uno grande de la Virgen de Guadalupe.
