El templo de San Juan Bautista está ubicado en la Mixteca Alta, a 1860 metros sobre el nivel del mar. En San Juan Bautista Yolotepec se establecieron las doctrinas dominicas hacia 1596. El templo es de una nave cubierta con bóveda de cañón con lunetos, y presbiterio sobre pódium de menor anchura que la nave.
La portada es de estilo renacentista y consiste en destacar el acceso con un enmarcamiento de medio punto en cantera sobre pilastras dóricas, una pequeña ventana coral de arco conopial y, como remate del frontis, un frontón triangular. Está flanqueada por dos basamentos, uno de ellos con campanario de dos cuerpos y remate.
