El conjunto está compuesto por su atrio, de muy buenas dimensiones, el claustro, el templo, el huerto y tierras de siembra. La fachada completa se integra con las ruinas de la capilla del Rosario, la portada del templo y la portería del claustro.
La fachada de la iglesia, de planta poligonal, se forma con un muro liso, con la puerta principal en arco de medio punto enmarcada con un alfiz sin decoración. En seguida se abre la ventana del coro, también con arco de medio punto formado por dovelas, y sobre ella un nicho enmarcado por pilastras, y dentro de este, una escultura de bulto. Finalmente, el remate de la fachada es de forma mixtilínea.
Sobre el lado izquierdo de la fachada se levanta la base y torre del campanario, con dos cuerpos de estilo barroco: el primero, con arcos enmarcados por pilastras, columnas salomónicas y columnillas rematadas por un conjunto de tres almenas en cada esquina. El segundo cuerpo, de menores dimensiones, presenta pilastras, molduras y la carátula de reloj en cada lado, y coronamiento con cupulín y un carrillón.
Sobre el muro lateral izquierdo (norte) sobresalen los pesados contrafuertes del muro, en forma de remo, que recibe los esfuerzos de la bóveda de cubierta de la nave.
La planta es rectangular, de gran dimensión, cubierta en cuatro tramos con bóveda de arista y la estructura de coro y sotocoro del mismo tipo.
En el interior, las decoraciones de los altares mayor y laterales son de estilo neoclásico.
Al lado sur de la iglesia (derecho) está el convento. El claustro, en su planta baja, tiene vanos con arcos de medio punto sostenidos por gruesas bases. En los cuartos de la planta alta, ya modificados por el deterioro, aún se encuentran restos de interesante pintura mural lineal y decorativa, ejemplos valiosos del arte del siglo XVI.
San Juan Bautista fue originalmente curato secular hasta que, en 1562, fue dado a los padres dominicos; posteriormente, fray Juan de la Cruz construyó el convento, terminándolo en el año de 1581. El largo abandono dejó huellas en los muros del edificio: la capilla del Rosario destruida, la huerta mutilada y la pérdida de tierras de siembra, hasta que, a principios del siglo XIX, cuando se colapsó parte del templo, tuvo que ser reconstruido. Durante los últimos años, la huerta volvió a ser mutilada durante el mandato del gobernador Lauro Ortega, debido a la ampliación del mercado municipal.
