Cuicatlán tenía en 1548 cuatro barrios y tres estancias. La relación de 1580 no menciona sujetos y afirma que la cabecera, que se hallaba entonces en la ribera occidental del Río Grande, había sido trasladada de una loma cercana.
Desde la década de 1550 residía un cura de Papaloticpac que visitaba Cuicatlán. San Juan Bautista Cuicatlán se convirtió en una doctrina secular en la década de 1570.
El templo del siglo XVIII ha sufrido innumerables alteraciones y agregados. Su nave, con presbiterio angosto, fue cubierta con una bóveda de cañón.
La portada principal conserva sus antiguos elementos de composición: el acceso de medio punto, enmarcado por pilastras y rematado por un frontón quebrado que aloja la ventana coral, ahora de forma circular.
