La localidad de San Juan Bautista Lo de Soto es mencionada a fines del siglo XIX como municipalidad perteneciente a la parroquia de Santa María Cortijos, del templo se dice que es un edificio "de palos, tierra y techo de zacate". El conjunto religioso de San Juan Bautista está emplazado sobre un terreno plano, formando el núcleo central del poblado. Tiene un atrio delimitado por una reja, con piso de cemento y tierra, la nave de cuatro tramos sobre un eje oriente-poniente y un recinto pequeño para la sacristía en el costado norte.
La fachada está compuesta de un cuerpo inferior dividido en tres calles por pilastras sobre pedestal. En la calle central se abre el acceso enmarcado por jambas y arco de medio punto. Una gruesa banda de entablamento, friso y cornisa remata este cuerpo y lo separa del remate en forma de frontón triangular ceñido por cornisas, con un vano de iluminación en el centro.
Los costados laterales son paramentos de proporción horizontal sobre los que destacan los contrafuertes de refuerzo estructural. En el tercer tramo se abren vanos de acceso con arcos de medio punto y una sencilla portada como marco.
El muro testero está contenido por robustos contrafuertes escalonados con un remate piramidal.
El espacio interior es austero, está seccionado por pilastras que sostienen los tirantes de la estructura de la techumbre y que corresponden a cada uno de los contrafuertes en el exterior.
Los muros son de mampostería mixta que combina la piedra del lugar cortada en sillarejos y ladrillo de arcilla cocida para los cimientos – que están a 1.5 m sobre el terreno natural – y para los contrafuertes, los muros son de piedra y adobe. La techumbre tiene una estructura de vigas de madera en armaduras de parhilera, con teja de arcilla en el tramo del ábside y lámina de asbesto en el resto de la nave. Los paramentos exteriores e interiores tienen una capa de recubrimiento con mortero y pintura a la cal.
