Durante los diez años siguientes a la conquista, es posible que hubiera cierta concentración urbana en Tuxtepec; el patrón general de asentamiento era disperso hasta que la despoblación indicó la conveniencia de reunir a los sobrevivientes en unas pocas congregaciones.
El actual templo parroquial de San Juan Bautista ha sido reconstruido, de una sola nave en un principio, pasó a ser de tres naves.
Su portada presenta en líneas neoclásicas un pórtico con acceso de medio punto. Esbeltos campanarios de dos cuerpos complementan la fachada principal.
