Huajuapan está ubicado en el centro de la Mixteca Baja, en el extremo noroccidental del estado de Oaxaca.
Esta región contenía una serie de señoríos mixtecos de muy variados tamaños, la mayoría de los cuales, si no todos, pagaban tributo a la Triple Alianza, siendo uno de los mayores el de Guaxoapan, cuya lengua predominante era el mixteco.
Hacia 1578 se establece la doctrina dominicana en San Juan Guaxuapa. El templo primitivo, administrado por los religiosos, aparece en un mapa que los vecinos enviaron al virrey Álvaro Enríquez de Zúñiga Guzmán en 1776. En 1812 sirvió de baluarte a Valerio Trujano durante el sitio de la ciudad; en 1863 fue destruido por un temblor, se reedificó cuatro años más tarde y, en 1882, otro sismo derrumbó las torres, la cúpula y parte del sagrario. Los elementos de la cubierta se reconstruyeron de inmediato, pero el campanario del lado norte empezó a levantarse hasta 1894 y, en 1900, se colocó el reloj. Desde 1903 sirve de catedral.
Se halla en el centro de la ciudad, precedida de un gran atrio.
La portada, flanqueada por dos torres campanario, es de cantera rosa, recientemente reconstruida por el maestro Avelino Pérez (1953). Tiene tres puertas; la central lleva en alto relieve las imágenes de San Pedro y San Pablo y los escudos de León XIII y Pío XII, y las laterales, evangelistas y los blasones de los primeros cuatro obispos de Huajuapan de León.
Tiene planta basilical de tres naves, siendo de mayor altura la central, cubierta en cada uno de sus tramos con bóvedas de arista. Su presbiterio es semicircular, inscrito en el testero poligonal, a un lado del cual se ubica una hornacina que aloja una pintura de la Virgen de Guadalupe, obra de Luis Toral G., que regaló y bendijo el abad de la Basílica de Guadalupe, Gregorio Aguilar; y, al otro lado, sobre una columna de granito, la escultura barcelonesa de San Juan Bautista, obra de E. Castellano, que se adquirió en tiempos del primer obispo.
