En este recinto se estableció el Real Convento de Nuestra Señora de los Desamparados de Texcoco. El convento de Nuestra Señora de los Desamparados estuvo a cargo de los religiosos juaninos, la orden hospitalaria más importante en la Nueva España. Tuvo como patrono al bachiller Felipe Arias Río Frío. Fue construido durante la segunda mitad del siglo XVII y su declive se produjo con la supresión de estas reglas benefactoras por decreto de las Cortes de Cádiz en 1820. Durante más de dos siglos, el Hospital de Nuestra Señora de los Desamparados fue la única institución que se encontraba al servicio de una numerosa población conformada por diversas castas (mestizos, castizos, mulatos y pardos, entre otros), y en la cual eran atendidos padecimientos de todo tipo, con excepción de leprosos antoninos (mal de San Antón) y enfermos mentales. En el Archivo General de la Nación existen datos que aseguran que, de 1772 a 1774, los religiosos recibieron 256 enfermos, entre hombres y mujeres, de los cuales fallecieron 67, lo cual demuestra la eficiencia, para los medios de la época, de los servicios que se prestaban. Otro dato interesante indica que la institución recibía diariamente un promedio de 14 a 16 enfermos, los cuales eran asistidos por cuatro padres, uno de ellos encargado de oficiar las misas a los enfermos y brindarles los sacramentos.
No obstante el buen funcionamiento de este convento juanino, el resultado de la "auditoría" general a los hospitales de la Nueva España demostró la corrupción y degradación en la que, para el siglo XVIII, habían caído estas instituciones que estaban bajo el manejo de distintas órdenes hospitalarias. de ahí que el entonces rey de España decidiera que los betlemitas (Orden de Belén) fuesen los encargados de esos hospitales y se diera la expulsión de las otras congregaciones. Esta reforma fue significativa porque, a partir de ese momento, la atención médica comenzó a tener un carácter laico: el cuerpo queda como responsabilidad del Estado. En un principio, los hospitales y hospicios fueron administrados por los ayuntamientos u otras autoridades. Sin embargo, debido a la escasez económica, su mantenimiento no fue posible, por lo que varios de ellos fueron clausurados y el resto continuó bajo el control eclesiástico. Se desconoce el año en que los padres juaninos desocuparon el templo y convento de Nuestra Señora de los Desamparados, aunque para la segunda mitad del siglo XX estuvo habitado por soldados. Actualmente se conserva gran parte del inmueble, pero no sus retablos originales.
Como datos complementarios, en este templo se reunió el Congreso Constituyente del Estado de México para sancionar la primera Constitución Política el 14 de febrero de 1827, según reza la placa metálica colocada a manera de homenaje por parte del Gobierno del Estado de México en la fachada del edificio en el año de 1974.
Ya refiriéndonos al conjunto, este muestra la magnificencia del inmueble. El trabajo reciente de restauración es evidente. El templo, por el exterior, se muestra imponente, así como su singular torre campanario. Resalta el trabajo de la pintura de los muros, aplicada en tonos tierra, imitando o siguiendo los sillares. Lo robusto de los muros es indicativo de la fortaleza del carácter de los religiosos que lo atendieron. Sendos muros de piedra albergaron la institución que, en el siglo XIX, se convirtió en cuartel militar hasta avanzado el siglo XX.
Después de la restauración, el acabado aparente en mampostería de piedra ha sido dejado con toda intención.
La torre campanario muestra el decorado geometrizado de sus sillares en colores tierra, imitando el tono del tezontle. Arranca con un gran dado peraltado octogonal y, sobre este, se corona con un solo cuerpo campanario y el cupulín de remate final. Las aristas están trabajadas con imitaciones, en gris, de piedra de cantera. Puede verse en lo alto los balcones para el campanero, así como las decoraciones a base de insertos geométricos en las jambas y en los frisos acabados en amarillo ocre. En general, la obra restauradora de las fachadas corresponde a un buen trabajo de intervención que se debe evidenciar.
En el interior de la nave, solo los muros datan del original. El retablo mayor es de factura reciente y de gusto neoclásico, dedicado al Sagrado Corazón de Jesús, con San Juan de Dios en primer plano. Las fábricas de muros y bóvedas son sobrevivientes en la historia. Las bóvedas son de lunetos en el presbiterio, sistema que también se empleó a lo largo de la nave.
