El poblado de San Juan Mixtepec, se encuentra a 40 Km. al este del valle de Miahuatlán, asentado sobre terreno montañoso. Sobre su historia, Gerhard dice que, debido a las congregaciones de la población que se hallaba sumamente dispersa se fundaron tres nuevas doctrinas, dos de ellas dominicas en Quiegolani y San Miguel Quezaltepec y la otra secular en San Juan Mixtepec, como parte de la jurisdicción de Nexapa.
El templo ocupa la parte más alta de una pequeña colina, entre el caserío que se esparce sobre las laderas. Se desplanta sobre un eje oriente-poniente, al final de una planicie que se extiende al frente y a los lados, dentro de la cual, se define el atrio con un pavimento de cemento que forma recuadros. Sus componentes arquitectónicos son: nave de cuatro entrejes y el ábside, con planta de cruz de un solo brazo y el baptisterio adosado al sur.
La fachada principal está compuesta por torres con campanarios y una portada al centro. Las torres se dividen en dos cuerpos por una cornisa, los campanarios son un poco más esbeltos que la base, tienen pares de medias muestras con fuste estriado, a los lados del vano central que hay en los cuatro lados. El remate es en forma de campana con poco peralte y una cruz muy pequeña en lo alto.
La portada tiene dos cuerpos y el remate. La puerta no tiene más ornamentación que una cornisa que marca la imposta del arco de medio punto. A cada lado hay pares de medias muestras y otra en cada extremo, sobre pedestal y con el fuste estriado. En cada calle hay nichos con venera, que presentan sus imágenes.
En el segundo cuerpo, que tiene menor altura, continúan las medias muestras, en este caso sobre basas y con estrías en diagonal. También tiene nichos en los intercolumnios. Al centro se abre una ventana vertical con arco de medio punto, a la altura del coro. El remate es de perfil mixtilíneo con una cornisa que arranca y termina en roleos. En el centro tiene un nicho angosto con una imagen sobre una peana con un marco con ornamentación muy fina de yesería. Todos los elementos están pintados en color amarillo en dos tonos.
En la fachada norte sobresalen los contrafuertes dispuestos a lo largo del muro y la escalerilla que sube a la azotea por la torre. La cara sur tiene mayor juego de volúmenes, ya que del cuerpo de la nave se desprenden, la capilla lateral con bóveda de cañón y el baptisterio con techo plano. Destaca por su altura la cúpula de gajos sobre el transepto con tambor octogonal como base.
El ábside es un cuerpo más angosto que la nave, también tiene su bóveda de cañón como cubierta y contrafuertes diagonales en las aristas del muro testero y otro al centro del mismo, con una cruz en relieve sobre el basamento.
El interior es un espacio sumamente ancho con respecto a su altura, en la mitad del primer entreje se encuentra el sotocoro con una losa plana apoyada en pilastras adicionales y un arco sumamente rebajado. El coro está protegido por una barandilla de fierro, su cubierta es el cañón que corre en toda la nave.
En los paramentos laterales se han abierto ventanales horizontales debajo de la imposta. El espacio se abre antes de llegar al presbiterio, con la cúpula sobre pechinas y tambor de gran altura que marca el ingreso a la capilla lateral. El interior de ésta capilla está dividido en dos tramos por pilastras, no tiene mas mobiliario que unas bancas de madera sobre las cuales se han colocado varios altares con imágenes y arreglos florales.
El presbiterio está elevado tres esc alones, el altar es de madera. En el muro del fondo hay un nicho con la imagen de San Juan Evangelista en su interior. Está pintado en un tono muy claro de color amarillo.
El interior de la nave está aplanado y pintado en color blanco, el piso es de cemento pulido, la cubierta no tiene pintura.
