La cercanía con las tierras de la hacienda de Atlacomulco, propiedad de Cortés, dio importancia a esta región. Es probable que, por este motivo, hayan surgido problemas con el barrio de Acapantzingo, que también aprovechaba las aguas del manantial. Es posible que la suerte que el patronazgo de San Miguel —que hasta 1746 tenía, según menciona Villaseñor— quedara en este último, y para Chapultepec se hiciera una nueva dedicación a San Juan Evangelista, o quizá a San Juan Bautista, por la presencia del agua.
La relación entre Atlacomulco y Chapultepec quizá explique la presencia del Cristo Negro, así como la tradicional relación con Cortés.
La construcción actual corresponde al siglo XVII; además, presenta diversas modificaciones que se le han hecho en el transcurso del tiempo. Podemos decir que corresponde al barroco popular regional sencillo, con fuertes influencias de las capillas domésticas de hacienda.
El acceso principal está enmarcado por dos pilastras cuyo fuste está decorado con recuadros. La arquivolta está decorada con recuadros, igual que las pilastras. Estas pilastras se ven interrumpidas por impostas antes de terminar en el enmarcamiento. Las enjutas son lisas. Sobre el enmarcamiento se localizan dos escudos con monogramas y, sobre el eje de la entrada, la ventana de forma rectangular sin decoración. Remata la fachada un imafronte de forma mixtilínea con volutas y, en el centro, una base que sostiene un elemento esférico que sustenta una cruz latina de piedra. Del lado izquierdo se encuentra un cubo o base de la torre, con pequeñas ventanas para iluminar las escaleras. Esta base sustenta los dos cuerpos de la torre de planta cuadrada. Los vanos del primer cuerpo están formados por arcos de medio punto, flanqueados por columnillas que terminan en un cornisamiento que divide al primer cuerpo. En el segundo cuerpo, también sus vanos están formados por arcos de medio punto, pero de menor tamaño, flanqueados por columnillas que terminan en el cornisamiento del segundo cuerpo. El remate de la torre es un cupulín y una cruz. Del lado derecho se encuentra el bautisterio, de menor altura con relación al imafronte, en el cual se encuentra una pequeña ventana con derrame hacia afuera.
El templo está compuesto por nave, transepto, presbiterio, sacristía, bautisterio y anexos. La bóveda es de cañón corrido. La cúpula se levanta sobre el crucero y está sostenida por un tambor ciego de forma octagonal, y tiene dos lunetos que están en el sentido del eje principal. Tiene adosados, en el lado derecho, una capilla, un bautisterio y un pórtico con columnas toscanas. El templo está delimitado por un atrio.
En el atrio se localiza un templete de concreto armado. La cruz atrial se encuentra fuera de lo que actualmente es el atrio; parte del espacio del atrio original fue utilizado para la construcción de una escuela primaria.
