En 1571, en la Relación de Clérigos del Obispado, dice: "... Están Comanja y Cuneo, dos cabeceras que tiene Juan Infante en encomienda;... es vicario Sancho López de Arbolancha...". Era cabecera en 1685, tenía como beneficio a Tiríndaro; en 1845 deja a Coeneo como cabecera y, para 1860, ya depende de Zacapu.
La descripción que en 1945 da Bienes Nacionales del templo de Comanja dice que "... el atrio no está bardado y el pueblo lo usa como lugar público... El templo de Comanja fue construido por los pobladores del lugar hace 50 años [1895]... por virtud del que existía se vino por tierra, aprovechándose parte de su terreno para la construcción del actual, que ha permanecido abierto al público desde el tiempo ya indicado, con una pequeña interrupción por el año de 1931, por motivo a que se presentaron en el lugar unos individuos que se dijeron formaban parte de una misión cultural y, con ese carácter, habían ya incendiado otros templos de otros lugares y, para salvar el de este lugar, los vecinos procedieron a recoger la llave y ocultarla para entorpecer la labor destructora de los citados individuos y así salvar este predio... de haber sido destruido... el valor [era] de 70,000.00 con todos sus anexos, incluyendo una parte del terreno invadido... El templo está abierto al culto público y la casa cural ocupada por la escuela rural federal por acuerdo presidencial; parte del terreno está invadido... y disponible otra parte, de la cual existe orden para entregarse a los ejidatarios del lugar... la casa cural fue construida en la misma época del templo...; por 1927 fue invadida por los agraristas... [hasta que]... el 31 de agosto de 1931 se entregó al director de la escuela, expidiéndose el Acuerdo Presidencial de octubre de mismo año para legalizar la posesión... [y sugieren que]... se ponga en venta el terreno que ocupó el templo...".
La década de los años treinta fue aciaga para las iglesias michoacanas; la comunidad agraria se quedó con las llaves, pretendiendo usar como granero el inmueble. La Junta Vecinal lo defendió negándoles las llaves; solo dos imágenes fueron ocultadas, logrando llegar hasta nuestros días: ellas son San Juan Bautista y un crucifijo tallado en madera. El resto de los bienes muebles son imágenes de yeso sin interés artístico. El inmueble actual tiene una superficie total de 1,663.8 m², con un área construida de 738.67 m² y otra descubierta de 925.18 m².
El atrio original fue muy extenso; en 1949 el Ayuntamiento solicita se les done "... una parte del atrio y las ruinas de la Casa Cural... para construir en el primero un mercado y en la segunda oficinas municipales [agregan que]... es indispensable que el templo cuente con una zona de protección que sirva de atrio...". Apenas cuatro años antes, el inspector de Bienes Nacionales decía: "... El atrio no está bardeado y el pueblo lo toma como lugar público... [tiene]... un regular terreno en el cual estuvo el antiguo templo...".
En 1976 se tiraron los árboles de la plaza y el atrio, perdiendo su fisonomía particular. Para 1988, en la inspección que realizamos para la SEDUE, indicamos que el atrio estaba limitado por una barda de piedra y, en la actualidad, así continúa. Vale agregar que, sobre la corta barda, está una celosía y una reja metálica que le sirve de acceso; en gran parte ha sido recortado para otros usos, siendo parcialmente ocupado por la carretera nacional.
La fachada es plana, de un solo cuerpo, enjarrada y aplanada con recubrimiento a la cal. Se flanquea por dos pilastras lisas que rematan en su parte superior por una almena de pináculo, que seguramente fue recolocada de los restos de la primitiva construcción. La portada es de fuerte influencia neoclásica: dos pilastras sobre altas basas y capitel toscano enmarcan el entablamento moldurado con friso de metopas y triglifos con dentículos; encuadran un vano de medio punto con extradós moldurado sobre capiteles y jambas lisas. Sobre la cornisa desplanta la ventana del coro, de arco apuntado con jambas y extradós moldurados; el imafronte remata en pico a dos aguas, con un segundo remate curvo formando dos volutas que convergen, flanqueando una peana con su cruz al centro.
La torre es reciente, ocupa el costado derecho de la fachada; es un cubo macizo al que se le abrió una ventana fuera de proporción, sobre la cual se ve un pequeño vano cuadrado que sirvió de iluminación al interior. Cuatro basas truncas que formaban el antiguo campanario soportan un nuevo cuerpo, el campanario, que sustituye al árbol que en 1945 cumplía esa función. Está reforzado con pilastras en las esquinas; en cada uno de sus paramentos tiene un vano de medio punto y, como remate, un chapitel con su cruz en la cúspide.
La nave ocupa el lado suroeste del predio; es de planta rectangular, con amplios muros de piedra aparentes al exterior y aplanados al interior. Tres vanos apuntados en los muros laterales iluminan suficientemente el interior; el piso original, que fue de ladrillo, hoy está hecho con cuadros rojo y blanco en tablero de ajedrez.
El coro no existe; solo unas cuantas vigas se tienden sobre el pie de la nave, cubriendo el acceso. La primera sostiene un barandal de madera torneado; aún se conserva la escalera de doble alfarda mediante la cual se accedía, no obstante, el entarimado de madera ya no existe. Puede verse una puerta que debía comunicar a la torre, que se construyó del lado opuesto a la misma.
En el presbiterio se encuentra un altar de tendencia ecléctica y escaso interés artístico, presidido por la imagen de San Juan y un Cristo colonial de indudable mano indígena. En la nave se encuentra otro altar con la imagen de María Auxiliadora; carece de un estilo definido. La cubierta es plana por el interior, apoyada en vigas bajo una cama de duela que se protege por el exterior con una armadura parhilera que soporta fajillas y teja.
A la derecha del presbiterio, un acceso comunica a la casa cural. Esta última fue sometida a toda clase de abusos; en mayo de 1928, por acuerdo presidencial, fue otorgada para centro escolar, disputándole la posesión del predio a la SEP el Comité Agrario, que describe el lugar: "... Son unos cuartitos pequeños en que el profesor está posando, unos para oficina y para esperar alguna visita que venga...". En 1929, el de Hacienda dice en su descripción: "... componiéndose dicho anexo de tres piezas, dos corredores y un patio respectivo; estando dos piezas entarimadas y una enladrillada; contando con sus respectivas puertas y ventanas en buen estado y las piezas blanqueadas por dentro; construidas de adobe y teja en regular estado...". En 1930 estaba ocupado por los agraristas, que almacenaban en él sus productos; un año después era escuela para varones con 82 alumnos "... bastante incómodos...".
En 1939, la casa cural se componía de cinco piezas de regular tamaño, separadas por un patio, una sin techo, dos de pequeñas dimensiones con muros bajos: "... son de adobe...". Esta parte del templo terminó por ocuparse como escuela y la nueva casa cural tiene forma irregular y es de construcción reciente. Al sureste del predio se localiza una construcción de un nivel que es utilizada como biblioteca y también es reciente, con muros de tabique y losa de concreto.
