El templo de San Marcos tiene un atrio de buenas dimensiones, en el que resalta la bella manufactura de su edificación, de enorme influencia agustina del siglo XVI.
Su volumen es masivo, con sus gruesos muros laterales, que son apoyados en sobresalientes contrafuertes en forma de remo en ambos lados.
La fachada está formada por la portada, que se compone del vano de acceso en arco de medio punto, con molduradas impostas y jambas lisas. Sobre este se encuentra la ventana de coro, de forma mixtilínea, y un pequeño nicho rematado con una hermosa decoración moldurada. El imafronte está coronado con una espadaña curvilínea de excelente proporción, siendo este el elemento más sobresaliente del conjunto, que de por sí es agradable.
La planta es de forma rectangular, dividida por tres entre ejes formados por masivas pilastras adosadas, que sirven de soporte a los robustos arcos interiores. La nave está cubierta en un pequeño tramo con bóveda de cañón y el resto con dos primitivos casquetes, que denuncian las diferentes etapas de la construcción del inmueble a partir del siglo XVI.
La sacristía se encuentra sobre el costado derecho de la nave, a la altura del presbiterio, de planta rectangular y con techo a base de viguería y teja de la región.
En el interior, con altar de ábside plano, se encuentra un hermoso retablo de fina factura dedicado a San Marcos. La estructura de coro y sotocoro es con arco de tres centros.
Al sur, separada del cuerpo, está una torre nueva con el alto basamento de mampostería de piedra que sostiene el cubo del reloj.
San Marcos Huecahuaxco era una antigua estancia sujeta a Jumiltepec, reducida antes del siglo XVIII y posteriormente resurgida, como la mayoría de los pueblos del volcán. La importancia de su resurgimiento se puede apreciar en el retablo de características barrocas.
