La entrada está inscrita en un arco de medio punto, cuyas enjutas están ornamentadas con formas florales que parecen responder a la mano de obra autóctona; al arco lo flanquean pilastras pareadas, labradas en espiral, de manera que el giro en una es contrario al de su par. Las pilastras, que tienen un pedestal muy sencillo, rematan en una especie de capiteles estilizados que no llegan directamente a un entablamento, sino que terminan en pináculos a la altura de la arquitrabe del segundo cuerpo. Este tiene una ventana mixtilínea al centro, flanqueada por esbeltos nichos vacíos, sobre los que se sitúan ornamentos que semejan conchas; arriba, otro nicho de mayor tamaño contiene una pequeña imagen del evangelista Marcos, a quien se dedica este templo. Las pilastras del cuerpo inferior se pierden en este, quedando hacia adentro unas apenas insinuadas y, afuera, una sobreposición de pináculos. Sobre el nicho, una cornisa estilizada cierra el segundo cuerpo y, desde ahí, apenas se insinúa el arranque de un frontón triangular que se corta de inmediato. Sobresale al centro la cruz, como único remate de la fachada.
Fue construido sobre un basamento prehispánico en 1560 por los frailes franciscanos. En 1946 iba a ser consolidado por encontrarse muy deteriorado. Abelardo Carrillo y Gabriel rescató los restos de un Cristo de caña, conocido como el Cristo del Códice, porque el esqueleto estaba construido por escritos en náhuatl. El templo estuvo cerrado al culto unos años desde 1952. Se restauró en 1962 y, en 1969, también fueron retiradas las tumbas del atrio.
Una placa en el interior del templo, en la zona de acceso a mano derecha, dice:
"Las obras de restauración de este templo de San Marcos y de su retablo principal estuvieron a cargo del reverendo padre
Miguel Uribe
M. P. S.
Con la ayuda del pueblo y la intervención de la Secretaría del Patrimonio Nacional.
Mexicalcingo, D. F., sept. 29 de 1970."
Totalmente restaurados el templo y el claustro. En este último se ubica un centro juvenil de nombre "Encuentro, Diálogo y Solidaridad", a cargo del padre Javier Prado Flores.
Como datos complementarios, cabe agregar que conserva el retablo. Como ya se mencionó, fueron restaurados en 1970 el templo y el retablo; conserva cúpula con linternilla y su barda atrial.
