La crónica del siglo XVII, ya nombra a Tlacotepec entre los pueblos administrados como beneficio de clérigos dependiente de la Doctrina de Tlalpujahua, el texto indica: ...Tlacotepec tiene cuarenta indios casados..., y no hace más comentarios al respecto, sabemos que es uno de los pueblos más antiguos de la región, y estaba habitado por indígenas, de acuerdo al toponímico pensamos que pueden ser mexicas, ya que Tlacotepec quiere decir Cerro del Tlacote, siendoéstte una variedad de árbol de propiedades medicinales. Formó parte de la encomienda de Taimeo otorgada a Gaspar de Avila, pasando a depender como cabeza de rey en 1567 con atención eclesíastica de Tlalpujahua; considerado como limite del arzobispado de Michoacán.
El arzobispado de Michoacán en 1765 lo describe de la siguiente manera: ...El pueblo de San Miguel Tlacotepec tiene una iglesia grande, de cal y canto muy hermosa, con sacristía,torre, buenas campanas,abundancia de ornamentos, vasos y paramentos, linda por la parte del oriente con el arzobispado, de manera que este curato es término de Michoacán y el curato de San Felipe el Grande, principio del arzobispado de México...
El templo se ubica del lado poniente del pueblo y se compone de atrio-cementerio y nave con su torre. El conjunto que vemos no es el original, debido a la alta sismicidad del sitio se le hicieron reparaciones en el siglo XIX, y otras más en 1935.
Los daños sufridos en está época propiciaron la demolición del templo barroco del siglo XVIII, de mampostería y cubierta de madera con armadura de tijera, teja al exterior y cubierta de duela en tríptico al interior, con pisos de madera portada de cantera y torre barroca, sacristía y casa cural.
El proyecto nuevo incluye planta de cruz con cúpula al centro y dos torres, además de la portada lateral, se encuentra concluido casi en su totalidad a excepción de la torre izquierda. Se respetaron pocos muros originales reponiéndose los más dañados y interiores son sillares aparentes de cantera rosa cortada en ocasiones a contra veta el resultado no es muy afortunado viéndose falso y acartonado, notándose una clara deficiencia en el corte de las piedras que forran una estructura de concreto en cimientos, trabes y columnas; la estereotomía no es coincidente con los trazos y la amplitud de los claros, propiciándose la reducción del espacio anterior por las enormes columnas corintias que le colocaron. El estilo tampoco es definido ya que mezcla elementos barrocos con neoclásicos-eclécticos.
Las obras continúan financiadas por el pueblo siguiendo un proyecto que tiene más de quince años de haberse iniciado. La advocación de San Miguel, ha sido substituida por la de la Virgen de Guadalupe, eliminándose no sólo un espléndido edificio sino la tradición histórica de su fundación.
