La Orden de los Hermanos Predicadores, fundada por santo Domingo de Guzmán, inicia sus actividades misioneras en la zona indígena zoque, en el obispado de Chiapas, durante la segunda mitad del siglo XVI.
No se puede precisar la fecha de construcción del templo colonial de Copainalá; sin embargo, por medio de una comparación de estilos con el templo de Tecpatán (como sugieren algunas fuentes de información), es posible deducir que la construcción del templo se realizó en los últimos años del siglo XVI y principios del XVII.
La fachada del templo es de estilo renacentista, bastante sencilla, y consta de: portada, torre de dos cuerpos y campanario, integrada a la fachada principal del lado derecho.
La portada tiene tres calles y está rematada por un frontón con un pequeño vano circular en el tímpano; la calle central está ocupada por el vano de acceso de arco de medio punto, en cuya parte superior se observa una especie de tablero y, sobre este, un frontón bajo. El espacio de cada calle lateral está enmarcado por un par de pilastras lisas; tiene dos nichos vacíos y un panel, colocados unos sobre el otro. Las calles laterales son de un cuerpo alto, con un entablamento que recorre toda la composición.
Arriba de las pilastras lisas exteriores de las calles laterales y en las esquinas inclinadas del frontón, tienen colocados unos pequeños remates. A los lados de las calles laterales se encuentran angostas pilastras que sobresalen del muro.
Las pilastras lisas externas se apoyan en altos pedestales con capiteles tipo toscano, utilizándolos en forma invertida para las bases.
El tablero, cuya superficie central está remetida, va flanqueado por el mismo estilo de pilastras lisas, ya sin capiteles y bases.
Un indicio para deducir que la portada fue construida posteriormente al inmueble serían los enormes remates piramidales alargados colocados en los contrafuertes que enmarcan la portada y sobre la base que aparece en la arista superior del frontón, en la que pudo haberse colocado una escultura. Aunque dichos remates pudieron haber sido agregados después, no existe la certeza para datar el inmueble en su conjunto.
La torre es de planta cuadrada, integrada a la fachada principal (similar a la de Tecpatán), y está formada por un alto basamento, dos cuerpos y rematada con una pequeña torrecilla.
El basamento lleva una pequeña ventana alargada y abocinada, con cerramiento semicircular en el lado de la fachada principal; en la fachada lateral sorprende un monumental arco de medio punto remetido que forma un gran nicho o portal.
El cuerpo que sobresale de la nave es el más bajo y es liso en tres de sus lados; solo en la fachada lateral lleva dos vanos cuadrados.
El segundo cuerpo, que corresponde al campanario, es más alto que el primero y tres de sus lados tienen un par de ventanas alargadas con arcos semicirculares; el cuarto lado solo tiene una ventana.
El acceso al campanario se realiza a través de una esbelta torre cilíndrica que contiene en su interior una escalera de caracol y está empotrada en el rincón que forma la torre con la nave. Vista desde el exterior, da la impresión de una estructura independiente, ya que está cubierta totalmente de ladrillo, contrastando con la piedra del primer cuerpo de la torre sobre la que se apoya.
Puede considerarse un ejemplo tardío del mudéjar andaluz, ya que en la región circundante y en la misma Sevilla no es raro encontrar escaleras de caracol exteriores.
Cada esquina del campanario lleva un pináculo, todos incompletos, ya que solo conservan la base y solo uno completo como remate de la cubierta.
Dobles cornisas sencillas señalan la separación de cada cuerpo, incluyendo el perímetro de la escalera de caracol, que tiene en la cúspide un gran remate en forma de torrecilla.
La planta del templo es de forma de cruz latina, encontrando que en el entreeje siguiente hacia el acceso lleva otros dos brazos adicionales más cortos; el presbiterio, de forma cuadrada, probablemente estaba cubierto con bóveda nervada, ya que existen restos del arranque de las nervaduras de la bóveda que lo cubría.
El presbiterio, en cuyo testero se observa el vano de un arco de medio punto tapiado que, como sugieren algunas fuentes, funcionaba como capilla abierta; un bajo contrafuerte que se encuentra al centro del relleno también sugiere la separación entre el crucero y el ábside. Originalmente, el ábside era la capilla mayor y después se cambió al crucero, esto posterior al tapiado del vano.
La nave es larga y angosta, con dos capillas de poca profundidad en los brazos del crucero, levantado posteriormente, una de las cuales aún conserva su bóveda de cañón abocinado y la otra su cubierta con techo de madera y teja, probablemente con un artesonado ya desaparecido, a la que se accedía del exterior. Ambas capillas se apoyan en los brazos del crucero original, cuyos muros son más altos que los muros de la nave, lo que insinúa que estaban cubiertos con techumbre de madera y teja de una sola agua cada uno.
La nave estaba techada con un artesonado cuya inclinación debe haberse dado a partir de la inclinación del frontón de la portada. Es difícil suponer cómo la techumbre más baja de la nave se unió con la del crucero.
Un vano que existe en el brazo del crucero norte conduce al convento, del que quedan pocos restos; parte de esta área actualmente la ocupa un pequeño templo de este siglo.
