El conjunto se encuentra dentro de un amplio atrio, delimitado por una barda de piedra y con accesos al norte y sur. Frente a la fachada se encuentra el mausoleo de Emiliano Zapata y sus hombres.
La fachada de la iglesia es muy sencilla y se encuentra en mal estado de conservación. El ingreso principal, con arco de medio punto, se encuentra moldurado, con enjutas a cada lado, de las que arrancan pináculos adosados. La ventana del coro presenta un enmarcamiento que sigue los mismos lineamientos de decoración que el de la puerta.
Sobre el lado izquierdo de la fachada se alza una torre de tres cuerpos de diferentes proporciones y base cuadrada, con un vano en cada cara y remate horizontal con moldura, para terminar en un tambor circular con una copa invertida y una bola de piedra que sostiene la cruz. El deterioro de la torre muestra todavía los signos de las luchas de la Revolución de 1910.
La planta de la iglesia es de una nave, cubierta con bóveda de cañón soportada por arcos fajones. Sobre el crucero se levanta una cúpula esférica con pechinas. Del lado derecho del transepto se encuentra una capilla lateral con cúpula y tambor octogonal y linternilla de base cuadrada. El sotocoro tiene su cubierta con bóveda vaída.
En el interior se aprecian decoraciones neoclásicas en sus altares mayor y laterales, así como restos de interesantes pinturas murales de los siglos XVI y XVII. Del lado derecho, sobre los muros, se hallan tumbas adosadas.
Adjunto a la iglesia, sobre el costado izquierdo, está el convento, en cuya fachada se abre la portería, con muros de pretil almenado. El claustro es de dos pisos, con grandes contrafuertes, gruesos muros y arcos de medio punto en los vanos. Los corredores de la planta alta están techados con bóveda de cañón corrido. En las celdas se pueden apreciar pinturas murales del siglo XVI.
El asentamiento de San Miguel Tlaltiza estaba sujeto al tlatoani de Yautepec cuando llegaron los españoles, razón por la que Hernán Cortés lo consideró dentro de su merced, pero pronto se lo adjudicaron los encomenderos Francisco Verdugo y Diego de Olguín. Hacia la mitad del siglo XVI, los dominicos de Yautepec decidieron fundar el monasterio de San Miguel, que tuvieron hasta la secularización del siglo XVIII.
