LOS DATOS HISTORICOS SOBRE LA CONSTRUCCION DEL CONJUNTO ACTUAL DEL CONVENTO DE HUEJOTZINGO NO CONDUCEN A CONCLUSIONES TERMINANTES Y LOS DIVERSOS ESTUDIOS DISCREPAN EN CUANTO A LA CRONOLOGIA PRECISA Y A LAS INTERVENCIONES DE FRAY JUAN DE ALAMEDA TANTO EN EL PROYECTO COMO EN LA CONSTRUCCION.
SEGUN GEORGE KUBLER, UNA VEZ REALIZADO EL TRASLADO SE REGISTRA ACTIVIDAD CONSTRUCTIVA DE 1529 A 1539, PERO NO SE PRONUNCIA EN EL SENTIDO DE QUE EL TEMPLO Y EL CONVENTO ACTUALES SE HUBIESEN INICIADO ENTONCES, YA QUE EXISTE LA POSIBILIDAD DE QUE SE HUBIESE LEVANTADO UNA CONSTRUCCION PROVISIONAL DIFERENTE A LA ACTUAL. PARA KUBLER LA QUE CONOCEMOS SE CONSTRUYO ENTRE 1544 Y 1571. SEGUN LA HISTORIADORA MARCELA SALAS CUESTA, LAS ACTIVIDADES EDIFICATORIAS REALIZADAS DURANTE ESTE PERIODO SERIAN LAS SIGUIENTES:
1.- DE 1544 A 1555 SE CONSTRUYO LA PLATAFORMA ARTIFICIAL, SE LEVANTARON LOS MUROS DEL ATRIO CON SUS ENTRADAS, SE HICIERON LAS CAPILLAS POSAS, LA PORTADA LATERAL DEL TEMPLO Y LA PORTERIA DEL CONVENTO.
2.- ENTRE 1548 Y 1560 SE CONSTRUYO EL CONVENTO CON SUS ANEXOS, ASI COMO LA PORTADA PRINCIPAL DEL TEMPLO.
3.- EN 1550 SE INICIA LA CONSTRUCCION DEL TEMPLO CONCLUYENDOSE EN 1571.
EN CUANTO A LOS BIENES MUEBLES QUE CONSERVA EL CONJUNTO, DESTACA EL RETABLO PRINCIPAL CUYAS PINTURAS SON DE SIMON PEREYNS. SE INICIO EN 1584 Y SE TERMINO DOS AÑOS DESPUES. SE SABE ADEMAS QUE INTERVINIERON LOS ARTISTAS ANDRES DE LA CONCHA (PINTOR), PEDRO DE REQUENA (ESCULTOR) Y MARCOS DE SAN PEDRO (DORADOR).
